Конвертер SDF в InChIKey
Кратко: преобразуйте блоки SDF или MOL в стандартные идентификаторы InChIKey для сопоставления с базами данных. Инструмент бесплатный, работает в браузере и не требует загрузки.
Вставьте блок SDF или MOL и преобразуйте его в стандартный InChIKey.
Входной и выходной форматы
| Вход: SDF | Выход: InChIKey | |
|---|---|---|
| Полное название | SDF (Structure Data File) | InChIKey |
| Что содержит | Одна или несколько записей MOL, каждая с необязательными полями данных, разделённые $$$$. | 27-символьный хеш InChI, созданный для поиска в интернете и базах данных. Без базы данных для поиска его нельзя превратить обратно в структуру. |
| Файл или форма | .sdf | Текст вида XXXXXXXXXXXXXX-YYYYYYYYYY-Z |
Описание форматов файлов
SDF — формат структур и данных, который может хранить блоки атомов/связей и свойства соединений. Он широко используется для химических наборов данных и библиотек для скрининга.
InChIKey — компактный хешированный идентификатор, получаемый из InChI. Он особенно полезен для сопоставления с базами данных, индексирования и проверки, описывают ли две записи, скорее всего, одно и то же соединение.
InChIKey удобен для поиска, но не полностью обратим. Сохраните исходный SDF, если позже понадобятся координаты, блоки атомов или поля свойств.
InChIKey и библиотеки соединений
Если вы получили библиотеку соединений в формате SDF, InChIKey для каждой записи даёт короткий отпечаток структуры, по которому можно искать. Ключи удобно хранить в таблицах и базах данных, и с ними легко заметить одно и то же соединение, указанное под разными названиями или ID.
Как пользоваться
- Скопируйте одну или несколько записей SDF, каждая из которых заканчивается на
$$$$. - Вставьте и преобразуйте.
- Скопируйте полученные 27-символьные ключи в таблицу рядом с идентификаторами соединений.
Практическое применение
- Удаление дубликатов: отсортируйте по InChIKey; одинаковые ключи означают одну и ту же структуру, включая стереохимию.
- Поиск стереоизомеров: сгруппируйте по первому 14-символьному блоку, чтобы собрать соединения с общим скелетом, но разной стереохимией или изотопами.
- Перекрёстные ссылки: ищите ключи в открытых базах данных, чтобы найти литературу, поставщиков или данные по безопасности.
Примечание: соли и смеси в записях SDF дают ключи для всей записи, поэтому у гидрохлорида и свободного основания разные ключи. Чтобы сопоставлять исходные соединения, сначала удалите противоионы. Для полного идентификатора используйте SDF в InChI.
Последнее обновление: