MolDraw › Химические инструменты › Пакетный химический конвертер
Пакетный химический конвертер (CSV на входе, CSV на выходе)
Кратко: преобразуйте сразу целый список SMILES, названий, номеров CAS, PubChem CID, InChI или InChIKey. Получите канонические SMILES, формулу, молекулярную массу, точную массу, InChI, InChIKey, название IUPAC, LogP, TPSA, доноры и акцепторы водородной связи и проверку по Липински, затем скачайте CSV, TSV или SDF. Инструмент бесплатный, работает в браузере и не требует загрузки.
Вставьте по одному идентификатору в строке или откройте файл CSV, TSV или TXT. SMILES обрабатываются на вашем устройстве, до 5000 строк за запуск. Названия, номера CAS и другие идентификаторы сначала ищутся в PubChem; такие строки отмечены как онлайн.
CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O, даёт C9H8O4, MW 180,159 g/mol, точную массу 180,0423, TPSA 63,6 Ų, 1 донор, 4 акцептора и результат Lipinski Pass. Затем нажмите Скачать CSV.Результаты
Готово.
Как преобразовать список химических веществ
- Вставьте свой список или нажмите Открыть CSV / TSV / TXT. Подходит и одно значение в строке, и таблица, сохранённая как CSV.
- Проверьте строку под полем. В ней указано, сколько строк и столбцов прочитано и какой разделитель найден.
- Для таблицы выберите Столбец идентификаторов и отметьте Первая строка — заголовок, если в строке 1 находятся названия столбцов.
- Оставьте для Тип данных значение Определять для каждой строки или принудительно выберите SMILES, Название, Номер CAS, PubChem CID, InChI или InChIKey.
- Отметьте нужные Результаты. Результаты с пометкой «онлайн» требуют запроса в интернете.
- Нажмите Преобразовать. Индикатор хода показывает обработанные строки, ошибки и онлайн-запросы. Нажмите Остановить, чтобы закончить раньше и сохранить уже готовое.
- Проверьте предпросмотр, затем нажмите Скачать CSV, Скачать TSV или Скачать SDF.
Входные данные и результаты
| Входные данные | Пример | Как читается |
|---|---|---|
| SMILES | CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C | На вашем устройстве |
| Название (тривиальное или IUPAC) | caffeine | Онлайн, PubChem |
| Регистрационный номер CAS | 58-08-2 | Проверка контрольной цифры, затем PubChem |
| PubChem CID | 2519 | Онлайн, PubChem |
| InChI | InChI=1S/C8H10N4O2/… | Онлайн, PubChem |
| InChIKey | RYYVLZVUVIJVGH-UHFFFAOYSA-N | Онлайн, PubChem |
Что означает каждый результат
| Результат | Значение | Источник |
|---|---|---|
| Канонические SMILES | Один стандартный SMILES на структуру, поэтому дубликаты совпадают | Локально |
| Молекулярная формула | Порядок Хилла (C, H, затем A–Z), с добавлением суммарного заряда | Локально |
| MW (g/mol) | Средняя молярная масса по стандартным атомным массам | Локально |
| Точная масса | Моноизотопная масса (самый распространённый изотоп каждого элемента) для масс-спектрометрии | Локально |
| InChI, InChIKey | Стандартные идентификаторы IUPAC для поиска в базах данных | Онлайн |
| Название IUPAC | Систематическое название из PubChem, если соединение там есть | Онлайн |
| cLogP | Расчётный коэффициент распределения октанол–вода | Локально |
| TPSA (Ų) | Топологическая площадь полярной поверхности по вкладам N и O | Локально |
| HBD, HBA | Доноры водородной связи (N–H, O–H) и акцепторы (атомы N и O) | Локально |
| Lipinski | Pass, если нарушено не более одного предела правила пяти | Локально |
Разобранные примеры
Аспирин из SMILES
CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O
C9H8O4, точная масса 180,0423, TPSA 63,6 Ų, HBD 1, HBA 4.
MW 180,159 g/mol, Lipinski Pass
Кофеин по номеру CAS
58-08-2 проходит проверку контрольной цифры и ищется онлайн.
C8H10N4O2, TPSA 58,4 Ų, HBD 0.
MW 194,19 g/mol, InChIKey RYYVLZVUVIJVGH-UHFFFAOYSA-N
Таблица с ID
Столбцы id;smiles;IC50, разделённые точкой с запятой.
Разделитель и столбец SMILES находятся автоматически.
Ваши столбцы id и IC50 сохраняются рядом с результатами
Аторвастатин
MW 558,6 g/mol и cLogP выше 5.
Нарушены два предела правила пяти.
Lipinski Fail (MW > 500; LogP > 5)
Типичные ошибки
- Названия в столбце SMILES. Если тип данных — SMILES, «aspirin» не обработается. Для смешанных списков используйте «Определять для каждой строки». Названия вводите по-английски, так как поиск идёт в PubChem.
- Excel изменил номера CAS. Таблицы могут превратить 7732-18-5 в дату. Перед сохранением задайте для столбца текстовый формат.
- Соли и смеси. SMILES с точкой, например
[Na+].[Cl-], считается одной записью. MW и формула включают все части. - Заголовок прочитан как данные. Если в строке 1 названия столбцов, отметьте «Первая строка — заголовок», иначе она появится как ошибочная строка.
- Сравнение LogP, полученных разными методами. cLogP и XLogP3 — оба оценки. Используйте один метод для всей серии.
- Очень длинные списки названий. Онлайн-запросы выполняются примерно по четыре в секунду. Один раз преобразуйте названия в SMILES, а затем работайте с файлом SMILES.
Хотите увидеть структуру? Вставьте любой SMILES в MolDraw — бесплатный онлайн-редактор химических структур, — чтобы нарисовать, отредактировать и экспортировать её в PNG, SVG или MOL.
Открыть редактор MolDrawЧасто задаваемые вопросы
Как сразу пересчитать список SMILES в молекулярные массы?
Вставьте SMILES по одному в строке или откройте файл CSV и выберите столбец со SMILES. Оставьте отмеченным MW (g/mol) и нажмите «Преобразовать». Когда расчёт завершится, нажмите «Скачать CSV». SMILES обрабатываются на вашем устройстве, поэтому до 5000 строк занимают считаные секунды.
Для каких входных данных нужен поиск в интернете?
SMILES читаются на вашем устройстве. Названия, номера CAS, PubChem CID, InChI и InChIKey сначала ищутся в бесплатной базе данных PubChem, чтобы получить структуру. Результаты InChI, InChIKey и название IUPAC также запрашиваются онлайн. Строки с онлайн-запросом отмечены в предпросмотре как «онлайн» и ограничены примерно четырьмя в секунду.
Можно ли загрузить CSV с несколькими столбцами?
Да. Конвертер распознаёт разделители — запятую, табуляцию, точку с запятой и вертикальную черту, — ячейки в кавычках и метку порядка байтов. Он угадывает строку заголовка и столбец идентификаторов, и оба можно изменить. Отметьте «Сохранить мои остальные столбцы», чтобы скопировать ваши ID или значения активности в результат.
Что означает столбец Lipinski?
Правило пяти Липински указывает на плохое всасывание при приёме внутрь, если соединение нарушает более одного из условий: MW ≤ 500, LogP ≤ 5, не более 5 доноров водородной связи и не более 10 акцепторов водородной связи. Pass означает ноль или одно нарушение. Столбец нарушений перечисляет, какие пределы превышены.
Почему мой LogP отличается от XLogP3 в PubChem?
Есть несколько способов оценки LogP. Этот конвертер использует расчётный cLogP по вкладам атомов, а PubChem приводит XLogP3. Обычно они совпадают с точностью примерно до единицы. Сравнивайте соединения одним и тем же методом.
Что содержится в скачиваемом SDF?
По одной записи на каждую преобразованную строку: 2D-структура с координатами, входное значение в строке заголовка и каждый выбранный результат (формула, MW, LogP и т. д.) в виде поля данных SDF. Его открывает большинство химических программ и баз данных.
Почему строка не обработалась?
Причину указывает столбец Status: например, SMILES с незакрытым циклом или скобкой, номер CAS с неверной контрольной цифрой или название, которого нет в PubChem. Исправьте входные данные и снова запустите конвертер. Остальные строки не затрагиваются.
Другие химические инструменты
Последнее обновление: