Конвертер SDF в InChI
Коротко: преобразуйте блоки SDF или MOL в стандартные строки InChI для индексирования и поиска. Бесплатно, работает в браузере и не требует установки.
Вставьте блок SDF или MOL и преобразуйте его в стандартную строку InChI.
Входной и выходной форматы
| Вход: SDF | Выход: InChI | |
|---|---|---|
| Полное название | SDF (Structure Data File) | InChI (IUPAC International Chemical Identifier) |
| Что содержит | Одна или несколько записей MOL, каждая с необязательными полями данных, разделённые $$$$. | Многослойный текстовый идентификатор, построенный по структуре. Стандартный InChI одинаков во всех программах. |
| Файл или форма | .sdf | Текст, начинающийся с InChI=1S/ |
Объяснение форматов файлов
SDF хранит записи молекул с блоками атомов и связей в стиле MOL и необязательными полями свойств. Формат распространён в библиотеках соединений и наборах данных для скрининга.
InChI — стандартизованный идентификатор IUPAC, представляющий молекулу в виде многослойного текста. Преобразование SDF в InChI помогает получить устойчивые идентификаторы для поиска, индексирования и удаления дубликатов.
Если SDF содержит несколько записей, преобразуйте и проверяйте их внимательно. Соли, смеси, стереохимия и недостающие водороды могут влиять на результирующий InChI.
О файлах SDF
SDF (structure-data file) — это по сути множество записей MOL, объединённых вместе. За каждой записью следуют необязательные поля данных, например > <NAME> или > <CAS>, а заканчивается она строкой $$$$. Библиотеки соединений, выгрузки PubChem и каталоги поставщиков часто используют SDF, потому что один файл может содержать тысячи молекул с их свойствами.
Зачем создавать InChI
Стандартный InChI даёт каждой структуре канонический идентификатор, не зависящий от порядка атомов и рисунка. Это полезно для объединения библиотек, удаления дубликатов и сопоставления соединений с открытыми базами данных.
Как пользоваться
- Откройте файл .sdf в текстовом редакторе.
- Скопируйте запись (от заголовка до
$$$$) и вставьте её. - Преобразуйте и скопируйте InChI или сократите его с помощью InChI в InChIKey.
Устранение неполадок
- Записи с необычными элементами, атомами-запросами или R-группами могут не дать стандартный InChI.
- Большие файлы удобнее обрабатывать по нескольку записей.
- Сохраняйте исходные пробелы: таблицы связей SDF имеют фиксированные столбцы.
Последнее обновление: