Просмотр белков
Кратко: загружайте PDB по ID или из файла, изучайте аминокислотные последовательности, настраивайте стиль отдельных цепей и выбранных участков последовательности. Бесплатно, работает в браузере и не требует загрузки.
Загружайте белки по PDB ID или файлом `.pdb`, изучайте аминокислотную последовательность, настраивайте стиль отдельных цепей и щёлкайте правой кнопкой по выделенным участкам последовательности, чтобы изменить их стиль или скрыть.
Цепи
Аминокислотная последовательность
Протяните по остаткам, чтобы выделить участок. Щёлкните правой кнопкой по выделению, чтобы изменить стиль или скрыть только этот фрагмент.
Изучение структуры белка
Банк данных белков (PDB) содержит экспериментально определённые 3D-структуры белков, нуклеиновых кислот и их комплексов. У каждой записи есть четырёхсимвольный ID, например 1CRN для крамбина — небольшого растительного белка, часто используемого в примерах, или 4HHB для дезоксигемоглобина человека.
Выбор стиля отображения
- Ленты (cartoon): показывает вторичную структуру: спирали — лентами или спиралями, β-тяжи — стрелками. Лучше всего подходит для общего вида укладки.
- Стержни (stick): показывает отдельные связи. Лучше всего для боковых цепей, лигандов и активных центров.
- Сферы (sphere): атомы в виде заполненных сфер, показывающие форму и упаковку.
- Линии (line): лёгкий проволочный каркас, удобный для больших структур.
Работа с цепями и последовательностями
Многие структуры содержат несколько цепей, например две α- и две β-цепи гемоглобина. Задайте каждой цепи свой стиль, чтобы увидеть, как они упакованы. Выделение участка аминокислотной последовательности и смена его стиля — быстрый способ выделить на рисунке связывающую петлю или место мутации.
Совет: экспортируйте PNG для слайдов или PDB/XYZ/OBJ, если нужны координаты или сетка в другой программе. Чтобы превратить связанный лиганд в SMILES, см. PDB в SMILES.
Последнее обновление: