SMILES → MOL2 변환기
요약: 도킹과 의약화학 작업을 위해 SMILES 문자열을 MOL2 형식으로 변환합니다. 무료이며 웹 브라우저에서 바로 작동하고 다운로드가 필요 없습니다.
도킹 및 파이프라인 호환을 위해 SMILES 문자열을 MOL2 형식으로 변환하세요.
MOL2 결과가 여기에 표시됩니다.
입력 및 출력 형식
| 입력: SMILES | 출력: MOL2 | |
|---|---|---|
| 정식 명칭 | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | MOL2 (Tripos Mol2) |
| 담고 있는 정보 | 원자, 결합, 고리, 전하, 입체화학을 한 줄의 텍스트로 표현합니다. 좌표는 없습니다. | 3D 좌표, 결합, 원자 유형, 부분 전하. |
| 파일 또는 형태 | .smi 또는 일반 텍스트 | .mol2 |
파일 형식 설명
SMILES는 분자의 연결 관계를 짧은 한 줄 텍스트로 저장합니다. 식별자로 유용하지만 Tripos 원자 유형이나 분자 섹션은 담지 않습니다.
MOL2는 Tripos Mol2 형식입니다. 원자, 결합, 부분 구조, 원자 유형, 좌표, 전하를 저장할 수 있어 도킹, 분자 모델링, 의약화학 작업에 유용합니다.
도킹 또는 모델링 도구가 Tripos 원자 유형이나 전하 필드를 요구할 때 MOL2를 사용하세요. 본격적인 도킹 전에 양성자화 상태, 전하, 생성된 좌표를 검증하세요.
MOL2가 필요한 경우
MOL2는 도킹, 가상 스크리닝, 분자 역학에서 흔히 쓰이는 입력 형식입니다. 좌표 외에도 많은 모델링 프로그램이 사용하는 SYBYL 원자 유형과 부분 전하를 저장합니다. 구조를 텍스트로만 가지고 있을 때 SMILES 문자열을 MOL2로 변환하면 리간드를 빠르게 준비할 수 있습니다.
사용 방법
- 리간드의 SMILES를 붙여 넣으세요. 예: 이부프로펜
CC(C)CC1=CC=C(C=C1)C(C)C(=O)O - 변환한 뒤 .mol2 파일을 다운로드하세요.
- 모델링 또는 도킹 소프트웨어에서 파일을 여세요.
도킹 전에
- 양성자화: 목표 pH에서 어떤 전하 상태가 중요한지 정하세요. 이부프로펜 같은 카복실산은 pH 7.4에서 대부분 탈양성자화되어 있습니다.
- 입체화학: 키랄 중심은 SMILES에 @ 또는 @@로 지정하세요. 그렇지 않으면 생성된 구조가 임의로 한쪽을 선택할 수 있습니다.
- 구조: 생성된 3D 좌표는 출발 배좌일 뿐이므로, 보통 모델링 프로그램에서 에너지 최소화를 하는 것이 좋습니다.
PDBQT가 필요한 도킹 프로그램은 SMILES → PDBQT를 참고하세요. 반대로 변환하려면 MOL2 → SMILES를 사용하세요.
최종 업데이트: