Conversor de MOL2 em SMILES
Em resumo: Converta texto MOL2 em SMILES usando um fluxo aproximado com um resolvedor público. É gratuito, funciona no seu navegador e não precisa de download.
Converta conteúdo MOL2 em SMILES. Ideal para blocos MOL2 de ligantes menores.
Formatos de entrada e saída
| Entrada: MOL2 | Saída: SMILES | |
|---|---|---|
| Nome completo | MOL2 (Tripos Mol2) | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) |
| O que contém | Coordenadas 3D, ligações, tipos de átomo e cargas parciais. | Átomos, ligações, anéis, cargas e estereoquímica em uma única linha de texto. Sem coordenadas. |
| Arquivo ou forma | .mol2 | .smi ou texto simples |
Formatos de arquivo explicados
MOL2 é um formato de estrutura da Tripos usado em docking e modelagem. Pode incluir coordenadas atômicas, tipos de átomo, registros de subestrutura, ligações e valores de carga.
SMILES é um identificador molecular de uma linha focado na conectividade. Converter MOL2 em SMILES é útil quando você precisa de uma string pesquisável para um ligante vindo de um fluxo de modelagem.
Arquivos MOL2 podem conter informações de tipo de átomo e de carga que o SMILES não preserva. Verifique a estereoquímica e a protonação após a conversão.
Sobre os arquivos MOL2
O formato MOL2 da Tripos é comum em modelagem molecular e docking. Ao contrário de um arquivo MOL, ele armazena tipos de átomo SYBYL (como C.ar para carbono aromático ou N.am para nitrogênio de amida), cargas parciais e informações de subestrutura em seções que começam com marcadores como @<TRIPOS>MOLECULE, @<TRIPOS>ATOM e @<TRIPOS>BOND. Programas de docking e bibliotecas de ligantes costumam fornecer moléculas em MOL2.
Por que converter em SMILES
O SMILES é muito mais fácil de ler, armazenar e pesquisar. Converter um ligante de docking ou uma entrada de biblioteca em SMILES permite conferir sua identidade, colá-lo em uma planilha ou redesenhá-lo para uma figura.
Como usar
- Abra o arquivo .mol2 em um editor de texto e copie uma molécula, de
@<TRIPOS>MOLECULEaté a seção de ligações. - Cole e converta.
- Confira o SMILES desenhando-o com SMILES para estrutura.
Atenção: arquivos preparados para docking muitas vezes incluem hidrogênios explícitos e um estado de protonação específico, então o SMILES pode mostrar grupos carregados, como uma amina protonada.
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