SMILES 转 MOL2 转换器
简而言之：把 SMILES 字符串转换为 MOL2 格式，用于分子对接和药物化学流程。免费，在网页浏览器中运行，无需下载。
把 SMILES 字符串转换为 MOL2 格式，便于对接和与各类处理流程兼容。
MOL2 将显示在这里。
输入和输出格式
| 输入：SMILES | 输出：MOL2 | |
|---|---|---|
| 全称 | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | MOL2 (Tripos Mol2) |
| 包含内容 | 以一行文本表示原子、键、环、电荷和立体信息，不含坐标。 | 3D 坐标、键、原子类型和部分电荷。 |
| 文件或形式 | .smi 或纯文本 | .mol2 |
文件格式说明
SMILES 用一行简短文本存储分子的连接关系，适合作为标识符，但不包含 Tripos 原子类型或分子分段信息。
MOL2 是 Tripos Mol2 格式，可以存储原子、键、子结构、原子类型、坐标和电荷，因此常用于分子对接、分子建模和药物化学流程。
当对接或建模工具需要 Tripos 原子类型或电荷字段时使用 MOL2。正式对接前，请核对质子化状态、电荷和生成的坐标。
何时需要 MOL2
MOL2 是分子对接、虚拟筛选和分子力学中常用的输入格式。除坐标外，它还存储许多建模软件所依赖的 SYBYL 原子类型和部分电荷。当你只有配体的文本结构时，把 SMILES 字符串转换为 MOL2 是快速准备配体的方法。
使用方法
- 粘贴配体的 SMILES，例如布洛芬
CC(C)CC1=CC=C(C=C1)C(C)C(=O)O。 - 转换并下载 .mol2 文件。
- 在你的建模或对接软件中打开它。
对接之前
- 质子化：确定在目标 pH 下相关的电荷状态。布洛芬这样的羧酸在 pH 7.4 时大部分已去质子化。
- 立体化学：在 SMILES 中为手性中心指定 @ 或 @@；否则生成的几何结构可能任意选择一种构型。
- 几何结构：生成的 3D 坐标只是初始构象；通常建议在建模软件中进行能量最小化。
需要 PDBQT 的对接程序，请参阅 SMILES 转 PDBQT。反向转换请使用 MOL2 转 SMILES。
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