Konwerter MOL2 na SMILES
W skrócie: konwertuj tekst MOL2 na SMILES w przybliżeniu, za pomocą publicznej usługi rozpoznawania struktur. Narzędzie jest darmowe, działa w przeglądarce i nie wymaga instalacji.
Konwertuj zawartość MOL2 na SMILES. Najlepiej sprawdza się dla mniejszych bloków MOL2 ligandów.
Formaty wejściowe i wyjściowe
| Dane wejściowe: MOL2 | Wynik: SMILES | |
|---|---|---|
| Pełna nazwa | MOL2 (Tripos Mol2) | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) |
| Co zawiera | Współrzędne 3D, wiązania, typy atomów i ładunki cząstkowe. | Atomy, wiązania, pierścienie, ładunki i stereochemia w jednej linii tekstu. Bez współrzędnych. |
| Plik lub forma | .mol2 | .smi lub zwykły tekst |
Formaty plików w skrócie
MOL2 to format struktur Tripos używany w dokowaniu i modelowaniu. Może zawierać współrzędne atomów, typy atomów, rekordy podstruktur, wiązania i wartości ładunków.
SMILES to jednoliniowy identyfikator cząsteczki skupiony na połączeniach. Konwersja MOL2 na SMILES przydaje się, gdy potrzebujesz ciągu do wyszukiwania dla ligandu z procedury modelowania.
Pliki MOL2 mogą zawierać typy atomów i ładunki, których SMILES nie zachowa. Po konwersji sprawdź stereochemię i protonowanie.
O plikach MOL2
Format Tripos MOL2 jest powszechny w modelowaniu molekularnym i dokowaniu. W odróżnieniu od pliku MOL przechowuje typy atomów SYBYL (np. C.ar dla węgla aromatycznego lub N.am dla azotu amidowego), ładunki cząstkowe i informacje o podstrukturach w sekcjach zaczynających się od znaczników, takich jak @<TRIPOS>MOLECULE, @<TRIPOS>ATOM i @<TRIPOS>BOND. Programy do dokowania i biblioteki ligandów często dostarczają cząsteczki w formacie MOL2.
Po co konwertować na SMILES
SMILES jest znacznie łatwiejszy do czytania, przechowywania i wyszukiwania. Konwersja zadokowanego ligandu lub wpisu z biblioteki na SMILES pozwala sprawdzić jego tożsamość, wkleić go do arkusza kalkulacyjnego lub narysować ponownie do rysunku.
Jak z niego korzystać
- Otwórz plik .mol2 w edytorze tekstu i skopiuj jedną cząsteczkę, od
@<TRIPOS>MOLECULEdo końca sekcji wiązań. - Wklej i przekonwertuj.
- Sprawdź SMILES, rysując go narzędziem SMILES na strukturę.
Uwaga: pliki przygotowane do dokowania często zawierają jawne wodory i określony stan protonowania, więc SMILES może pokazywać grupy naładowane, np. sprotonowaną aminę.
Ostatnia aktualizacja: