Konwerter SMILES na MOL
W skrócie: Przekształcaj ciągi SMILES w pliki struktur MOL dla zgodności z innymi programami. Jest darmowy, działa w przeglądarce i nie wymaga pobierania.
Konwertuj SMILES do formatu MOL do pobrania, zgodnego z edytorami i elektronicznymi notatnikami laboratoryjnymi (ELN).
Formaty wejściowe i wyjściowe
| Dane wejściowe: SMILES | Wynik: plik MOL | |
|---|---|---|
| Pełna nazwa | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | Plik MOL (MDL Molfile) |
| Co zawiera | Atomy, wiązania, pierścienie, ładunki i stereochemię w jednym wierszu tekstu. Bez współrzędnych. | Lista atomów ze współrzędnymi 2D lub 3D i tabela wiązań dla jednej cząsteczki. |
| Plik lub forma | .smi lub zwykły tekst | .mol |
Formaty plików w skrócie
SMILES to zwarty, jednowierszowy tekstowy identyfikator cząsteczki. Łatwo go wkleić do baz danych, skryptów i narzędzi internetowych, ale nie przechowuje narysowanego układu 2D.
MOL, czyli molfile, przechowuje tabele atomów i wiązań ze współrzędnymi. Używaj MOL, gdy edytor, ELN lub narzędzie chemoinformatyczne potrzebuje edytowalnego pliku struktury zamiast identyfikatora tekstowego.
Po konwersji sprawdź stereochemię, ładunki i pierścienie aromatyczne, zanim użyjesz pliku MOL w publikacji, rejestracji lub obliczeniach.
Co zawiera plik MOL
SMILES opisuje, które atomy są ze sobą połączone, ale nie zawiera współrzędnych. Plik MOL dodaje układ 2D: każdy atom otrzymuje współrzędne x i y, dzięki czemu inne programy mogą wyświetlić cząsteczkę bez ponownego obliczania układu. Dlatego MOL to bezpieczny wybór przy przenoszeniu struktury do programów zgodnych z ChemDraw, elektronicznych notatników laboratoryjnych lub systemów rejestracji.
Jak czytać wynik
- Wiersze 1–3: nagłówek (nazwa, program, komentarz).
- Wiersz liczników: liczba atomów i wiązań oraz znacznik wersji V2000.
- Blok atomów: jeden wiersz na atom ze współrzędnymi x, y, z i symbolem pierwiastka.
- Blok wiązań: pary numerów atomów i typ wiązania (1 pojedyncze, 2 podwójne, 3 potrójne).
M ENDzamyka rekord.
Jak z niego korzystać
- Wklej SMILES, np.
CCO(etanol). - Konwertuj, a następnie pobierz lub skopiuj tekst MOL.
- Zapisz go z rozszerzeniem .mol i otwórz w docelowym programie.
Potrzebujesz kilku cząsteczek w jednym pliku? Użyj konwertera SMILES na SDF. Potrzebujesz współrzędnych 3D do modelowania? Wypróbuj SMILES na PDB.
Ostatnia aktualizacja: