PDB → SMILES 변환기
요약: 최선 추정 방식의 공개 화학 변환 서비스를 이용해 PDB 구조 텍스트를 SMILES로 변환하세요. 무료이며 웹 브라우저에서 작동하고 다운로드가 필요 없습니다.
PDB 텍스트를 붙여 넣고 최선 추정 변환기로 SMILES로 변환하세요. 큰 단백질은 리간드만 있는 PDB 블록을 사용하세요.
SMILES 출력이 여기에 표시됩니다.
입력 및 출력 형식
| 입력: PDB | 출력: SMILES | |
|---|---|---|
| 정식 명칭 | PDB (Protein Data Bank 형식) | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) |
| 담고 있는 정보 | 고정 열 형식의 3D 원자 좌표. 단백질과 저분자에 사용됩니다. | 원자, 결합, 고리, 전하, 입체화학을 한 줄의 텍스트로 표현합니다. 좌표는 없습니다. |
| 파일 또는 형태 | .pdb | .smi 또는 일반 텍스트 |
파일 형식 설명
PDB는 3D 원자 좌표, 잔기 이름, 사슬, 점유율, B-인자, 원소 데이터를 저장합니다. 단백질, 리간드, 결정 구조, 분자 시각화에 흔히 쓰입니다.
SMILES는 분자를 간결한 한 줄의 연결 정보 텍스트로 저장합니다. 단백질 같은 거대 분자 전체가 아니라 작은 분자와 리간드에 가장 적합합니다.
가장 좋은 결과를 위해 리간드만 있는 PDB 블록을 변환하세요. 단백질 PDB 파일은 잔기가 많고 결합 차수 정보가 없는 경우가 많아 PDB → SMILES 직접 변환이 모호할 수 있습니다.
PDB 리간드를 SMILES로 변환하기
PDB 파일은 주로 결정학, NMR, cryo-EM으로 얻은 단백질과 핵산의 원자 좌표를 저장합니다. 작은 분자 리간드는 HETATM 레코드로 나타납니다. 이 형식에는 리간드의 명시적 결합 차수가 없는 경우가 많아, 좌표를 SMILES 문자열로 바꾸려면 원자 간 거리와 잔기 템플릿으로 결합을 추론해야 합니다. 그래서 결과가 최선 추정입니다.
좋은 결과를 얻으려면
- 리간드만 추출하세요: 단백질 전체가 아니라 리간드의 HETATM 줄(과 관련 CONECT 줄)만 복사하세요.
- 물 분자(잔기 이름 HOH)와 관련 없는 이온을 제거하세요.
- 변환한 뒤 SMILES → 구조식으로 그려서 SMILES를 확인하세요.
흔한 문제
- 수소 누락: 대부분의 결정 구조에는 수소가 없으므로 결합 차수와 전하를 확인해야 할 수 있습니다.
- 잘못된 결합 차수: 구조가 뒤틀리면 방향족 고리와 카보닐이 잘못 지정될 수 있습니다. PDB Chemical Component Dictionary의 리간드 항목과 비교하세요.
- 대체 형태: 원자가 중복되지 않도록 하나만(예: altLoc A) 남기세요.
단백질 자체를 보려면 단백질 뷰어를 사용하세요.
최종 업데이트: