PDB 转 SMILES 转换器
简而言之：借助公共化学解析服务，尽力把 PDB 结构文本转换为 SMILES。免费，在网页浏览器中运行，无需下载。
粘贴 PDB 文本，通过解析服务尽力转换为 SMILES。对于大型蛋白质，请只使用配体的 PDB 结构块。
SMILES 将显示在这里。
输入和输出格式
| 输入：PDB | 输出：SMILES | |
|---|---|---|
| 全称 | PDB（蛋白质数据库格式） | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) |
| 包含内容 | 以固定列存储的 3D 原子坐标，用于蛋白质和小分子。 | 以一行文本表示原子、键、环、电荷和立体信息，不含坐标。 |
| 文件或形式 | .pdb | .smi 或纯文本 |
文件格式说明
PDB 存储 3D 原子坐标、残基名称、链、占有率、B 因子和元素数据，常用于蛋白质、配体、晶体结构和分子可视化。
SMILES 以简洁的一行连接关系文本存储分子，最适合小分子和配体，而不是完整的蛋白质大分子。
为获得最佳结果，请只转换配体的 PDB 结构块。蛋白质 PDB 文件通常包含大量残基且缺少键级信息，因此直接从 PDB 转换为 SMILES 可能有歧义。
把 PDB 配体转换为 SMILES
PDB 文件存储原子坐标，主要来自 X 射线晶体学、NMR 或冷冻电镜测定的蛋白质和核酸。小分子配体以 HETATM 记录出现。该格式通常不包含配体的明确键级，因此把坐标转换为 SMILES 字符串需要根据原子间距离和残基模板推断化学键。这就是结果只能“尽力而为”的原因。
获得良好结果
- 只提取配体：复制它的 HETATM 行（以及相关的 CONECT 行），而不是整个蛋白质。
- 删除水分子（残基名 HOH）和无关的离子。
- 转换后，用 SMILES 转结构式画出 SMILES 进行核对。
常见问题
- 缺少氢原子：大多数晶体结构省略了氢，因此可能需要检查键级和电荷。
- 键级错误：几何结构扭曲时，芳香环和羰基可能被错误判断；请与 PDB 化学组分词典（Chemical Component Dictionary）中该配体的条目进行比较。
- 交替构象：只保留一个（例如 altLoc A），以免原子重复。
要查看蛋白质本身，请使用蛋白质查看器。
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