SDF naar InChI omzetten
Kort gezegd: Zet SDF- of MOL-blokken om in standaard-InChI-strings om te indexeren en te zoeken. Gratis, werkt in je webbrowser en zonder download.
Plak een SDF- of MOL-blok en zet het om in een standaard-InChI-string.
Invoer- en uitvoerformaten
| Invoer: SDF | Uitvoer: InChI | |
|---|---|---|
| Volledige naam | SDF (Structure Data File) | InChI (IUPAC International Chemical Identifier) |
| Wat het bevat | Een of meer MOL-records, elk met optionele gegevensvelden, gescheiden door $$$$. | Een gelaagde tekstidentificatie die uit de structuur wordt opgebouwd. De standaard-InChI is in elk programma hetzelfde. |
| Bestand of vorm | .sdf | Tekst die begint met InChI=1S/ |
Bestandsformaat uitgelegd
SDF slaat molecuulrecords op met atoom- en bindingsblokken in MOL-stijl, plus optionele eigenschapsvelden. Het is gebruikelijk voor stoffenbibliotheken en screeningdatasets.
InChI is een gestandaardiseerde IUPAC-identificatie die een molecuul in gelaagde tekstvorm weergeeft. SDF omzetten naar InChI helpt stabiele identificaties te maken om te zoeken, te indexeren en dubbele items te verwijderen.
Bevat een SDF meerdere records, zet ze dan zorgvuldig om en controleer ze. Zouten, mengsels, stereochemie en ontbrekende waterstofatomen kunnen de resulterende InChI beïnvloeden.
Over SDF-bestanden
Een SDF (structure-data file) is in feite een reeks aan elkaar gekoppelde MOL-records. Na elk record volgen optionele gegevensvelden zoals > <NAME> of > <CAS>, en elk record eindigt met een regel met $$$$. Stoffenbibliotheken, PubChem-downloads en leverancierscatalogi gebruiken vaak SDF, omdat één bestand duizenden moleculen met hun eigenschappen kan bevatten.
Waarom een InChI maken?
Standaard-InChI geeft elke structuur een canonieke identificatie, onafhankelijk van de atoomvolgorde en de tekening. Dat is handig om bibliotheken samen te voegen, dubbele items te verwijderen en stoffen te vergelijken met openbare databases.
Zo gebruik je het
- Open het .sdf-bestand in een editor voor platte tekst.
- Kopieer een record (van de kop tot en met
$$$$) en plak het in het veld. - Converteer en kopieer de InChI, of maak hem korter met InChI naar InChIKey.
Problemen oplossen
- Records met ongebruikelijke elementen, query-atomen of R-groepen leveren mogelijk geen standaard-InChI op.
- Grote bestanden verwerk je makkelijker met een paar records tegelijk.
- Behoud de oorspronkelijke spaties; de verbindingstabellen in SDF zijn kolomgebaseerd.
Laatst bijgewerkt: