SDF naar InChIKey omzetten
Kort gezegd: Zet SDF- of MOL-blokken om in standaard-InChIKey-identificaties om databases te koppelen. Gratis, werkt in je webbrowser en vereist geen download.
Plak een SDF- of MOL-blok en zet het om in een standaard-InChIKey.
Invoer- en uitvoerformaten
| Invoer: SDF | Uitvoer: InChIKey | |
|---|---|---|
| Volledige naam | SDF (Structure Data File) | InChIKey |
| Wat het bevat | Een of meer MOL-records, elk met optionele gegevensvelden, gescheiden door $$$$. | Een hash van 27 tekens van de InChI, gemaakt om op het web en in databases te zoeken. Zonder opzoekdatabase kan hij niet worden teruggezet naar een structuur. |
| Bestand of vorm | .sdf | Tekst zoals XXXXXXXXXXXXXX-YYYYYYYYYY-Z |
Bestandsformaat uitgelegd
SDF is een structuur-gegevensformaat dat atoom-/bindingsblokken en stofeigenschappen kan opslaan. Het wordt veel gebruikt voor chemische datasets en screeningbibliotheken.
InChIKey is een compacte gehashte identificatie die is afgeleid van een InChI. Vooral handig om databases te koppelen, te indexeren en te controleren of twee records waarschijnlijk dezelfde verbinding beschrijven.
Een InChIKey is goed doorzoekbaar maar niet volledig omkeerbaar. Bewaar de bron-SDF als je later coördinaten, atoomblokken of eigenschapsvelden nodig hebt.
InChIKeys gebruiken met stofbibliotheken
Als je een stofbibliotheek als SDF ontvangt, geeft een InChIKey per record je een korte, doorzoekbare vingerafdruk van de structuur. Sleutels passen netjes in spreadsheets en databases en maken het gemakkelijk om dezelfde verbinding onder verschillende namen of ID's te herkennen.
Zo gebruik je het
- Kopieer een of meer SDF-records, die elk eindigen op
$$$$. - Plak en zet om.
- Kopieer de resulterende sleutels van 27 tekens naar je spreadsheet, naast de stof-ID's.
Praktisch gebruik
- Ontdubbelen: sorteer op InChIKey; identieke sleutels betekenen dezelfde structuur, inclusief stereochemie.
- Stereo-isomeren vinden: groepeer op het eerste blok van 14 tekens om verbindingen te verzamelen die hetzelfde skelet hebben maar verschillen in stereo of isotopen.
- Kruisverwijzen: zoek sleutels op in openbare databases om literatuur, leveranciers of veiligheidsgegevens te vinden.
Let op: zouten en mengsels in SDF-records geven sleutels voor het hele record, dus een hydrochloridezout en de vrije base hebben verschillende sleutels. Verwijder eerst tegenionen als je de moederverbindingen wilt koppelen. Gebruik voor de volledige identificatie SDF naar InChI.
Laatst bijgewerkt: