MolDraw › Scheikundetools › Batchconverter voor chemicaliën
Batchconverter voor chemicaliën (CSV erin, CSV eruit)
Kort gezegd: Zet een hele lijst SMILES, namen, CAS-nummers, PubChem-CID's, InChI of InChIKeys in één keer om. Krijg canonieke SMILES, formule, molecuulmassa, exacte massa, InChI, InChIKey, IUPAC-naam, LogP, TPSA, waterstofbrugdonoren en -acceptoren en een Lipinski-controle, en download als CSV, TSV of SDF. Gratis, werkt in je webbrowser en vereist geen download.
Plak één identificatie per regel of open een CSV-, TSV- of TXT-bestand. SMILES worden op je apparaat verwerkt, tot 5000 rijen per run. Namen, CAS-nummers en andere identificaties worden eerst in PubChem opgezocht; die rijen zijn gemarkeerd als online.
CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O, geeft C9H8O4, MW 180,159 g/mol, exacte massa 180,0423, TPSA 63,6 Ų, 1 donor, 4 acceptoren en een Lipinski-Pass. Druk daarna op CSV downloaden.Uitvoer
Klaar.
Zo zet je een lijst chemicaliën om
- Plak je lijst of druk op CSV / TSV / TXT openen. Eén waarde per regel werkt, en een als CSV opgeslagen spreadsheet ook.
- Controleer de regel onder het vak. Die vertelt hoeveel rijen en kolommen zijn gelezen en welk scheidingsteken is gevonden.
- Kies bij een tabel de Identificatiekolom en vink Eerste rij is een kopregel aan als rij 1 kolomnamen bevat.
- Laat Type invoer op Per rij herkennen staan, of forceer SMILES, Naam, CAS-nummer, PubChem-CID, InChI of InChIKey.
- Vink de Uitvoer aan die je nodig hebt. Uitvoer gemarkeerd als online heeft een online opzoeking nodig.
- Druk op Omzetten. De voortgangsbalk toont de verwerkte rijen, fouten en online opzoekingen. Druk op Stoppen om eerder te stoppen en te bewaren wat klaar is.
- Controleer het voorbeeld en druk dan op CSV downloaden, TSV downloaden of SDF downloaden.
Invoer en uitvoer
| Invoer | Voorbeeld | Hoe het wordt gelezen |
|---|---|---|
| SMILES | CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C | Op je apparaat |
| Naam (triviaal of IUPAC) | caffeine | Online, PubChem |
| CAS-registratienummer | 58-08-2 | Controlecijfer getest, daarna PubChem |
| PubChem-CID | 2519 | Online, PubChem |
| InChI | InChI=1S/C8H10N4O2/… | Online, PubChem |
| InChIKey | RYYVLZVUVIJVGH-UHFFFAOYSA-N | Online, PubChem |
Wat elke uitvoer betekent
| Uitvoer | Betekenis | Bron |
|---|---|---|
| Canonieke SMILES | Eén standaard-SMILES per structuur, zodat duplicaten overeenkomen | Lokaal |
| Molecuulformule | Hill-volgorde (C, H, dan A–Z), nettolading toegevoegd | Lokaal |
| MW (g/mol) | Gemiddelde molaire massa uit standaardatoommassa's | Lokaal |
| Exacte massa | Monoisotopische massa (meest voorkomende isotoop van elk element), voor massaspectrometrie | Lokaal |
| InChI, InChIKey | Standaard-IUPAC-identificaties voor zoeken in databases | Online |
| IUPAC-naam | Systematische naam uit PubChem, als de verbinding daarin staat | Online |
| cLogP | Berekende octanol-waterverdelingscoëfficiënt | Lokaal |
| TPSA (Ų) | Topologisch polair oppervlak uit bijdragen van N en O | Lokaal |
| HBD, HBA | Waterstofbrugdonoren (N–H, O–H) en -acceptoren (N- en O-atomen) | Lokaal |
| Lipinski | Pass als hooguit één grens van de regel van vijf wordt overschreden | Lokaal |
Uitgewerkte voorbeelden
Aspirine uit SMILES
CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O
C9H8O4, exacte massa 180,0423, TPSA 63,6 Ų, HBD 1, HBA 4.
MW 180,159 g/mol, Lipinski Pass
Cafeïne uit het CAS-nummer
58-08-2 doorstaat de controlecijfertest en wordt online opgezocht.
C8H10N4O2, TPSA 58,4 Ų, HBD 0.
MW 194,19 g/mol, InChIKey RYYVLZVUVIJVGH-UHFFFAOYSA-N
Een spreadsheet met ID's
Kolommen id;smiles;IC50 gescheiden door puntkomma's.
Het scheidingsteken en de SMILES-kolom worden automatisch gevonden.
Je kolommen id en IC50 blijven naast de resultaten staan
Atorvastatine
MW 558,6 g/mol en cLogP boven 5.
Twee grenzen van de regel van vijf worden overschreden.
Lipinski Fail (MW > 500; LogP > 5)
Veelgemaakte fouten
- Namen in een SMILES-kolom. Met Type invoer op SMILES mislukt "aspirin". Gebruik Per rij herkennen voor gemengde lijsten.
- Excel heeft je CAS-nummers veranderd. Spreadsheets kunnen 7732-18-5 in een datum veranderen. Stel de kolom in als tekst voordat je opslaat.
- Zouten en mengsels. Een SMILES met een punt, zoals
[Na+].[Cl-], wordt als één invoer behandeld. MW en formule omvatten elk onderdeel. - Kopregel gelezen als gegevens. Als rij 1 kolomnamen bevat, vink dan Eerste rij is een kopregel aan, anders verschijnt die als mislukte rij.
- LogP-waarden van verschillende methoden vergelijken. cLogP en XLogP3 zijn allebei schattingen. Gebruik één methode voor een hele reeks.
- Zeer lange namenlijsten. Online opzoekingen lopen met ongeveer vier per seconde. Zet namen één keer om naar SMILES en werk daarna vanuit het SMILES-bestand.
Wil je een structuur zien? Plak een SMILES in MolDraw, een gratis online editor voor chemische structuren, om die te tekenen, te bewerken en te exporteren als PNG, SVG of MOL.
MolDraw-editor openenVeelgestelde vragen
Hoe zet ik een lijst SMILES in één keer om naar molecuulmassa's?
Plak de SMILES, één per regel, of open een CSV-bestand en kies de SMILES-kolom. Laat MW (g/mol) aangevinkt en druk op Omzetten. Als het klaar is, druk je op CSV downloaden. SMILES worden op je apparaat verwerkt, dus tot 5000 rijen kosten maar een paar seconden.
Welke invoer heeft een online opzoeking nodig?
SMILES worden op je apparaat gelezen. Namen, CAS-nummers, PubChem-CID's, InChI en InChIKeys worden eerst opgezocht in de gratis PubChem-database om de structuur te krijgen. De uitvoer InChI, InChIKey en IUPAC-naam wordt ook online opgezocht. Online rijen zijn in het voorbeeld gemarkeerd als online en beperkt tot ongeveer vier per seconde.
Kan ik een CSV met meerdere kolommen uploaden?
Ja. De converter herkent komma, tab, puntkomma en verticale streep als scheidingsteken, cellen tussen aanhalingstekens en een byte order mark. Hij raadt de kopregel en de identificatiekolom, en je kunt beide wijzigen. Vink Mijn andere kolommen behouden aan om je ID's of activiteitswaarden naar de uitvoer te kopiëren.
Wat betekent de Lipinski-kolom?
De regel van vijf van Lipinski signaleert slechte orale opname als een verbinding meer dan één van deze grenzen overschrijdt: MW ≤ 500, LogP ≤ 5, maximaal 5 waterstofbrugdonoren en maximaal 10 waterstofbrugacceptoren. Pass betekent nul of één overtreding. De kolom met overtredingen toont welke grenzen zijn overschreden.
Waarom wijkt mijn LogP af van XLogP3 van PubChem?
Er zijn verschillende manieren om LogP te schatten. Deze converter gebruikt een berekende cLogP uit atoombijdragen, terwijl PubChem XLogP3 rapporteert. De twee komen meestal binnen ongeveer één eenheid overeen. Vergelijk verbindingen met dezelfde methode.
Wat zit er in de SDF-download?
Eén record per omgezette rij: een 2D-structuur met coördinaten, de invoer als titelregel en elke gekozen uitvoer (formule, MW, LogP enzovoort) als SDF-gegevensveld. De meeste scheikundeprogramma's en databases kunnen het openen.
Waarom is een rij mislukt?
De kolom Status geeft de reden: bijvoorbeeld een SMILES met een niet-gesloten ring of haakje, een CAS-nummer met een verkeerd controlecijfer of een naam die PubChem niet kent. Verbeter de invoer en voer de converter opnieuw uit. De andere rijen worden niet beïnvloed.
Verwante scheikundetools
Laatst bijgewerkt: