XYZ→SMILES変換ツール
概要：XYZ座標ファイルを貼り付けるかアップロードして結合を推定し、編集可能な2Dキャンバスに構造を読み込んで、推定SMILESをコピーできます。無料でWebブラウザ上で動作し、ダウンロードは不要です。
XYZ座標ファイルを貼り付けるかアップロードし、考えられる結合を推定して結果を編集可能な2Dキャンバスに読み込み、推定SMILES文字列をコピーします。
要点：XYZファイルには結合次数が保存されていないため、このツールはまず推定したMOLファイルを作成し、MolDrawエディターで2Dレイアウトを整えてから、編集可能な構造からSMILESを読み取ります。
XYZ座標の入力
準備完了。XYZ座標を貼り付けて変換してください。
入力形式と出力形式
| 入力：XYZ座標ファイル | 出力：SMILES | |
|---|---|---|
| 正式名称 | XYZ座標ファイル | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) |
| 含まれる情報 | 元素記号とx、y、z座標のみ。結合は保存されていないため、推定する必要があります。 | 原子、結合、環、電荷、立体化学を1行のテキストで表現。座標は含まない。 |
| ファイル・形式 | .xyz | .smi またはプレーンテキスト |
XYZ→SMILES変換に関する注意
XYZファイルには通常、原子の記号と3D座標しか保存されていません。結合次数、形式電荷、芳香族性、立体化学は通常含まれません。
推定ベースの変換ツールとして使ってください。SMILESをデータベース、モデリングツール、論文、課題に使う前に、2Dエディターで推定された結合を確認してください。
- エディターが通常の暗黙の水素を使えるよう、SMILES生成前に炭素に結合した水素は非表示にします。
- 結合次数は単結合として推定されます。必要に応じて、二重結合、芳香環、電荷、立体化学を手動で修正してください。
- まず視覚的に編集できる構造が必要な場合は、XYZ / Gaussian→2D構造式変換ツールを使ってください。
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