Konwerter XYZ na SMILES
W skrócie: wklej lub prześlij plik współrzędnych XYZ, wyznacz wiązania, wczytaj strukturę do edytowalnego obszaru 2D i skopiuj przybliżony SMILES. Narzędzie jest darmowe, działa w przeglądarce i nie wymaga instalacji.
Wklej lub prześlij plik współrzędnych XYZ, wyznacz prawdopodobne wiązania, wczytaj wynik do edytowalnego obszaru 2D i skopiuj przybliżony ciąg SMILES.
Krótka odpowiedź: pliki XYZ nie zapisują rzędów wiązań, więc to narzędzie najpierw tworzy wywnioskowany plik MOL, pozwala edytorowi MolDraw uporządkować układ 2D, a potem odczytuje SMILES z edytowalnej struktury.
Współrzędne XYZ na wejściu
Gotowe. Wklej współrzędne XYZ i przekonwertuj.
Wynik SMILES i edytowalna struktura
Wczytywanie edytora...Wywnioskowany blok MOL
Formaty wejściowe i wyjściowe
| Dane wejściowe: plik współrzędnych XYZ | Wynik: SMILES | |
|---|---|---|
| Pełna nazwa | Plik współrzędnych XYZ | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) |
| Co zawiera | Tylko symbole pierwiastków i współrzędne x, y, z. Wiązania nie są zapisane i trzeba je wyznaczyć. | Atomy, wiązania, pierścienie, ładunki i stereochemia w jednej linii tekstu. Bez współrzędnych. |
| Plik lub forma | .xyz | .smi lub zwykły tekst |
Uwagi o konwersji XYZ na SMILES
Pliki XYZ zwykle zawierają tylko symbole atomów i współrzędne 3D. Nie zawierają zwykle rzędów wiązań, ładunków formalnych, aromatyczności ani stereochemii.
Traktuj to jako konwerter przybliżony. Sprawdź wywnioskowane wiązania w edytorze 2D, zanim użyjesz SMILES w bazach danych, narzędziach do modelowania, publikacjach lub zadaniach.
- Wodory związane z węglem są ukrywane przed generowaniem SMILES, aby edytor mógł użyć zwykłych wodorów domyślnych.
- Rzędy wiązań są wyznaczane jako pojedyncze; w razie potrzeby popraw ręcznie wiązania podwójne, pierścienie aromatyczne, ładunki i stereochemię.
- Jeśli najpierw chcesz uzyskać edytowalną strukturę wizualną, użyj konwertera XYZ / Gaussian na strukturę 2D.
Ostatnia aktualizacja: