Конвертер XYZ в SMILES
Коротко: вставьте или загрузите файл координат XYZ, определите связи, загрузите структуру на редактируемый 2D-холст и скопируйте приблизительный SMILES. Бесплатно, работает в браузере и не требует установки.
Вставьте или загрузите файл координат XYZ, определите вероятные связи, загрузите результат на редактируемый 2D-холст и скопируйте приблизительную строку SMILES.
Быстрый ответ: файлы XYZ не хранят порядки связей, поэтому инструмент сначала строит MOL-файл с определёнными связями, редактор MolDraw выравнивает 2D-раскладку, а затем SMILES считывается с редактируемой структуры.
Ввод координат XYZ
Готово. Вставьте координаты XYZ и выполните преобразование.
Вывод SMILES и редактируемая структура
Загрузка редактора...Блок MOL с определёнными связями
Входной и выходной форматы
| Вход: файл координат XYZ | Выход: SMILES | |
|---|---|---|
| Полное название | Файл координат XYZ | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) |
| Что содержит | Только символы элементов и координаты x, y, z. Связи не хранятся, их нужно определять. | Атомы, связи, циклы, заряды и стереохимия в одной строке текста. Без координат. |
| Файл или форма | .xyz | .smi или обычный текст |
Заметки о преобразовании XYZ в SMILES
Файлы XYZ обычно хранят только символы атомов и трёхмерные координаты. Как правило, в них нет порядков связей, формальных зарядов, ароматичности и стереохимии.
Используйте этот конвертер как приблизительный. Проверьте определённые связи в 2D-редакторе, прежде чем использовать SMILES в базах данных, программах моделирования, публикациях или заданиях.
- Атомы водорода при углероде скрываются перед созданием SMILES, чтобы редактор мог использовать обычные неявные водороды.
- Все связи определяются как одинарные; при необходимости исправьте вручную двойные связи, ароматические циклы, заряды и стереохимию.
- Если сначала нужна наглядная редактируемая структура, используйте конвертер XYZ / Gaussian в 2D-структуру.
Последнее обновление: