XYZ-in-SMILES-Konverter
Kurz gesagt: Füge eine XYZ-Koordinatendatei ein oder lade sie hoch, leite Bindungen ab, lade die Struktur in eine bearbeitbare 2D-Zeichenfläche und kopiere SMILES nach bestem Bemühen. Es ist kostenlos, läuft im Webbrowser und braucht keinen Download.
Füge eine XYZ-Koordinatendatei ein oder lade sie hoch, leite wahrscheinliche Bindungen ab, lade das Ergebnis in eine bearbeitbare 2D-Zeichenfläche und kopiere einen SMILES-String.
XYZ-Eingabekoordinaten
SMILES-Ausgabe und bearbeitbare Struktur
Editor wird geladen …Abgeleiteter MOL-Block
Eingabe- und Ausgabeformate
| Eingabe: XYZ-Koordinatendatei | Ausgabe: SMILES | |
|---|---|---|
| Vollständiger Name | XYZ-Koordinatendatei | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) |
| Inhalt | Nur Elementsymbole und x-, y-, z-Koordinaten. Bindungen werden nicht gespeichert und müssen ermittelt werden. | Atome, Bindungen, Ringe, Ladungen und Stereochemie als eine Textzeile. Keine Koordinaten. |
| Datei oder Form | .xyz | .smi oder Klartext |
Hinweise zu XYZ in SMILES
XYZ-Dateien speichern normalerweise nur Atomsymbole und 3D-Koordinaten. Bindungsordnungen, Formalladungen, Aromatizität oder Stereochemie enthalten sie meist nicht.
Nutze dies als Konverter nach bestem Bemühen. Prüfe die abgeleiteten Bindungen im 2D-Editor, bevor du den SMILES in Datenbanken, Modellierungs-Tools, Publikationen oder Hausaufgaben verwendest.
- An Kohlenstoff gebundene Wasserstoffatome werden vor der SMILES-Erzeugung ausgeblendet, damit der Editor normale implizite Wasserstoffatome verwenden kann.
- Bindungsordnungen werden als Einfachbindungen abgeleitet; korrigiere Doppelbindungen, aromatische Ringe, Ladungen und Stereochemie bei Bedarf von Hand.
- Für eine bearbeitbare Struktur zum Ansehen verwende zuerst den XYZ/Gaussian-in-2D-Struktur-Konverter.
Zuletzt aktualisiert: