Chuyển XYZ sang SMILES
Tóm tắt: Dán hoặc tải lên tệp tọa độ XYZ, suy ra liên kết, nạp cấu trúc vào canvas 2D chỉnh sửa được và sao chép SMILES gần đúng nhất. Miễn phí, chạy trên trình duyệt web và không cần tải về.
Dán hoặc tải lên tệp tọa độ XYZ, suy ra các liên kết có khả năng, nạp kết quả vào canvas 2D chỉnh sửa được và sao chép chuỗi SMILES gần đúng nhất.
Trả lời nhanh: Tệp XYZ không lưu bậc liên kết, nên công cụ này trước hết tạo một tệp MOL suy diễn, để trình soạn thảo MolDraw sắp xếp lại bố cục 2D, rồi đọc SMILES từ cấu trúc chỉnh sửa được.
Đầu vào tọa độ XYZ
Sẵn sàng. Dán tọa độ XYZ và chuyển đổi.
Đầu ra SMILES và cấu trúc chỉnh sửa được
Đang tải trình soạn thảo...Khối MOL suy diễn
Định dạng đầu vào và đầu ra
| Đầu vào: tệp tọa độ XYZ | Đầu ra: SMILES | |
|---|---|---|
| Tên đầy đủ | Tệp tọa độ XYZ | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) |
| Nội dung lưu trữ | Chỉ có ký hiệu nguyên tố và tọa độ x, y, z. Liên kết không được lưu và phải được suy ra. | Nguyên tử, liên kết, vòng, điện tích và lập thể trên một dòng văn bản. Không có tọa độ. |
| Tệp hoặc dạng | .xyz | .smi hoặc văn bản thuần |
Lưu ý về chuyển XYZ sang SMILES
Tệp XYZ thường chỉ lưu ký hiệu nguyên tử và tọa độ 3D. Chúng thường không chứa bậc liên kết, điện tích hình thức, tính thơm hay lập thể.
Hãy dùng đây như một công cụ chuyển đổi gần đúng. Xem lại các liên kết được suy ra trong trình soạn thảo 2D trước khi dùng SMILES trong cơ sở dữ liệu, phần mềm mô hình hóa, bài báo hoặc bài tập.
- Hydrogen gắn với carbon được ẩn trước khi tạo SMILES để trình soạn thảo dùng hydrogen ngầm định thông thường.
- Bậc liên kết được suy ra là liên kết đơn; hãy tự sửa liên kết đôi, vòng thơm, điện tích và lập thể khi cần.
- Nếu muốn có cấu trúc trực quan chỉnh sửa được trước, hãy dùng công cụ chuyển XYZ / Gaussian sang cấu trúc 2D.
Cập nhật lần cuối: