Konverter XYZ ke SMILES
Singkatnya: Tempel atau unggah file koordinat XYZ, tentukan ikatan, muat struktur ke kanvas 2D yang dapat diedit, dan salin SMILES perkiraan terbaik. Gratis, berjalan di peramban web Anda, dan tidak perlu diunduh.
Tempel atau unggah file koordinat XYZ, simpulkan ikatan yang mungkin, muat hasilnya ke kanvas 2D yang dapat diedit, dan salin string SMILES perkiraan terbaik.
Jawaban singkat: File XYZ tidak menyimpan orde ikatan, sehingga alat ini terlebih dahulu membuat file MOL hasil inferensi, membiarkan editor MolDraw merapikan tata letak 2D, lalu membaca SMILES dari struktur yang dapat diedit.
Masukan Koordinat XYZ
Siap. Tempel koordinat XYZ lalu konversi.
Hasil SMILES dan Struktur yang Dapat Diedit
Memuat editor...Blok MOL hasil inferensi
Format masukan dan keluaran
| Masukan: file koordinat XYZ | Keluaran: SMILES | |
|---|---|---|
| Nama lengkap | File koordinat XYZ | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) |
| Isi data | Hanya simbol unsur dan koordinat x, y, z. Ikatan tidak disimpan dan harus ditentukan. | Atom, ikatan, cincin, muatan, dan stereo dalam satu baris teks. Tanpa koordinat. |
| File atau bentuk | .xyz | .smi atau teks biasa |
Catatan XYZ ke SMILES
File XYZ biasanya hanya menyimpan simbol atom dan koordinat 3D. File ini umumnya tidak menyertakan orde ikatan, muatan formal, aromatisitas, atau stereokimia.
Gunakan sebagai konverter perkiraan terbaik. Periksa ikatan yang disimpulkan di editor 2D sebelum memakai SMILES di basis data, alat pemodelan, publikasi, atau tugas.
- Hidrogen yang terikat pada karbon disembunyikan sebelum SMILES dibuat agar editor dapat memakai hidrogen implisit seperti biasa.
- Orde ikatan disimpulkan sebagai ikatan tunggal; perbaiki ikatan rangkap, cincin aromatik, muatan, dan stereokimia secara manual bila perlu.
- Untuk struktur visual yang dapat diedit terlebih dahulu, gunakan konverter XYZ / Gaussian ke Struktur 2D.
Terakhir diperbarui: