XYZ-naar-SMILES-converter
Kort gezegd: plak of upload een XYZ-coördinatenbestand, laat bindingen afleiden, laad de structuur in een bewerkbaar 2D-canvas en kopieer een zo goed mogelijke SMILES. Het is gratis, werkt in je webbrowser en je hoeft niets te downloaden.
Plak of upload een XYZ-coördinatenbestand, laat waarschijnlijke bindingen afleiden, laad het resultaat in een bewerkbaar 2D-canvas en kopieer een zo goed mogelijke SMILES-string.
XYZ-coördinaten invoeren
Invoer- en uitvoerformaten
| Invoer: XYZ-coördinatenbestand | Uitvoer: SMILES | |
|---|---|---|
| Volledige naam | XYZ-coördinatenbestand | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) |
| Wat het bevat | Alleen elementsymbolen en x-, y-, z-coördinaten. Bindingen worden niet opgeslagen en moeten worden afgeleid. | Atomen, bindingen, ringen, ladingen en stereochemie als één regel tekst. Geen coördinaten. |
| Bestand of vorm | .xyz | .smi of platte tekst |
Opmerkingen bij XYZ naar SMILES
XYZ-bestanden slaan normaal alleen atoomsymbolen en 3D-coördinaten op. Bindingsordes, formele ladingen, aromaticiteit en stereochemie staan er meestal niet in.
Gebruik dit als converter die zijn best doet. Controleer de afgeleide bindingen in de 2D-editor voordat je de SMILES gebruikt in databanken, modelleersoftware, publicaties of opdrachten.
- Waterstofatomen op koolstof worden verborgen voordat de SMILES wordt gemaakt, zodat de editor normale impliciete waterstofatomen kan gebruiken.
- Bindingen worden als enkele bindingen afgeleid; corrigeer dubbele bindingen, aromatische ringen, ladingen en stereochemie zo nodig met de hand.
- Wil je eerst een visuele, bewerkbare structuur, gebruik dan de converter XYZ / Gaussian naar 2D-structuur.
Laatst bijgewerkt: