Convertisseur XYZ en SMILES
En bref : collez ou importez un fichier de coordonnées XYZ, déduisez les liaisons, chargez la structure dans un éditeur 2D et copiez un SMILES approché. Il est gratuit, fonctionne dans votre navigateur et ne nécessite aucun téléchargement.
Collez ou importez un fichier de coordonnées XYZ, déduisez les liaisons probables, chargez le résultat dans un éditeur 2D modifiable et copiez une chaîne SMILES approchée.
Coordonnées XYZ en entrée
SMILES obtenu et structure modifiable
Chargement de l'éditeur...Bloc MOL déduit
Formats d'entrée et de sortie
| Entrée : fichier de coordonnées XYZ | Sortie : SMILES | |
|---|---|---|
| Nom complet | Fichier de coordonnées XYZ | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) |
| Contenu | Uniquement les symboles des éléments et les coordonnées x, y, z. Les liaisons ne sont pas stockées et doivent être déduites. | Atomes, liaisons, cycles, charges et stéréochimie sur une seule ligne de texte. Pas de coordonnées. |
| Fichier ou forme | .xyz | .smi ou texte brut |
Remarques sur la conversion XYZ en SMILES
Les fichiers XYZ ne stockent normalement que les symboles des atomes et les coordonnées 3D. Ils n'incluent généralement ni ordres de liaison, ni charges formelles, ni aromaticité, ni stéréochimie.
Considérez-le comme un convertisseur approché. Vérifiez les liaisons déduites dans l'éditeur 2D avant d'utiliser le SMILES dans des bases de données, des logiciels de modélisation, des publications ou des devoirs.
- Les hydrogènes liés au carbone sont masqués avant la génération du SMILES afin que l'éditeur puisse utiliser les hydrogènes implicites habituels.
- Toutes les liaisons sont déduites comme simples ; corrigez manuellement les doubles liaisons, les cycles aromatiques, les charges et la stéréochimie si nécessaire.
- Pour obtenir d'abord une structure visuelle modifiable, utilisez le convertisseur XYZ / Gaussian en structure 2D.
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