เครื่องมือแปลง XYZ เป็น SMILES
สรุปสั้น ๆ: วางหรืออัปโหลดไฟล์พิกัด XYZ อนุมานพันธะ โหลดโครงสร้างลงในแคนวาส 2 มิติที่แก้ไขได้ และคัดลอก SMILES ที่ดีที่สุดเท่าที่ทำได้ ใช้งานฟรี ทำงานในเว็บเบราว์เซอร์ และไม่ต้องดาวน์โหลด
วางหรืออัปโหลดไฟล์พิกัด XYZ อนุมานพันธะที่น่าจะเป็น โหลดผลลัพธ์ลงในแคนวาส 2 มิติที่แก้ไขได้ และคัดลอกสตริง SMILES ที่ดีที่สุดเท่าที่ทำได้
คำตอบโดยย่อ: ไฟล์ XYZ ไม่เก็บอันดับพันธะ เครื่องมือนี้จึงสร้างไฟล์ MOL ที่อนุมานขึ้นก่อน ให้ตัวแก้ไข MolDraw จัดเลย์เอาต์ 2 มิติ แล้วจึงอ่าน SMILES จากโครงสร้างที่แก้ไขได้
ป้อนพิกัด XYZ
พร้อมใช้งาน วางพิกัด XYZ แล้วแปลง
ผลลัพธ์ SMILES และโครงสร้างที่แก้ไขได้
กำลังโหลดตัวแก้ไข...บล็อก MOL ที่อนุมาน
รูปแบบอินพุตและเอาต์พุต
| อินพุต: ไฟล์พิกัด XYZ | เอาต์พุต: SMILES | |
|---|---|---|
| ชื่อเต็ม | ไฟล์พิกัด XYZ | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) |
| ข้อมูลที่เก็บ | มีเพียงสัญลักษณ์ธาตุและพิกัด x, y, z ไม่มีการเก็บพันธะ จึงต้องคำนวณหาเอง | อะตอม พันธะ วง ประจุ และสเตอริโอเคมีในข้อความบรรทัดเดียว ไม่มีพิกัด |
| ไฟล์หรือรูปแบบ | .xyz | .smi หรือข้อความธรรมดา |
หมายเหตุการแปลง XYZ เป็น SMILES
ไฟล์ XYZ โดยปกติเก็บเพียงสัญลักษณ์อะตอมและพิกัด 3 มิติ มักไม่มีอันดับพันธะ ประจุฟอร์มอล ความเป็นอะโรมาติก หรือสเตอริโอเคมี
ใช้เป็นเครื่องมือแปลงแบบดีที่สุดเท่าที่ทำได้ ตรวจทานพันธะที่อนุมานในตัวแก้ไข 2 มิติก่อนนำ SMILES ไปใช้ในฐานข้อมูล เครื่องมือสร้างแบบจำลอง งานตีพิมพ์ หรืองานที่ได้รับมอบหมาย
- ไฮโดรเจนที่ต่อกับคาร์บอนจะถูกซ่อนก่อนสร้าง SMILES เพื่อให้ตัวแก้ไขใช้ไฮโดรเจนแบบไม่เขียน (implicit) ตามปกติ
- อันดับพันธะถูกอนุมานเป็นพันธะเดี่ยว ให้แก้ไขพันธะคู่ วงอะโรมาติก ประจุ และสเตอริโอเคมีด้วยตนเองเมื่อจำเป็น
- หากต้องการโครงสร้างที่มองเห็นและแก้ไขได้ก่อน ให้ใช้เครื่องมือแปลง XYZ / Gaussian เป็นโครงสร้าง 2D
อัปเดตล่าสุด: