InChI→SMILES変換ツール
概要:InChI識別子を正規SMILES文字列に変換します。無料でWebブラウザ上で動作し、インストールは不要です。
文献やデータベースのInChI文字列をSMILES形式に変換します。
入力形式と出力形式
| 入力:InChI | 出力:SMILES | |
|---|---|---|
| 正式名称 | InChI(IUPAC国際化学識別子) | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) |
| 含まれる情報 | 構造から作られる階層型のテキスト識別子。標準InChIはどのプログラムでも同じになります。 | 原子、結合、環、電荷、立体化学を1行のテキストで表現。座標は含まない。 |
| ファイル・形式 | InChI=1S/ で始まる文字列 | .smi またはプレーンテキスト |
ファイル形式の解説
InChIはIUPAC国際化学識別子です。階層構造をもち、一意に決まる識別子で、分子式、結合関係、水素、電荷、立体化学、同位体を記述できます。
SMILESはより短く、多くの描画・検索・ケモインフォマティクスツールに貼り付けやすい形式です。データベースではInChIが提供されているのに作業ではSMILESが必要な場合、InChIからSMILESへの変換が役立ちます。
同じInChIでも、サービスによって返される正規SMILESが異なる場合があります。同じ分子を表していれば、どのSMILES文字列も有効とみなしてください。
InChIをSMILESに変換する場面
InChIは化合物を一義的に識別するのに優れていますが、ほとんどの描画プログラム、ケモインフォマティクスのスクリプト、検索ボックスはSMILESを前提としています。変換すれば、データベースのレコードや論文の補足データにある識別子を、編集・描画できる形にできます。
使い方
InChI=1S/の接頭辞を含めて、InChI文字列全体を貼り付けてください。- 変換し、出力されたSMILESをコピーします。
- SMILESをMolDrawに貼り付けると、構造を表示・編集できます。
例
エタノール:InChI=1S/C2H6O/c1-2-3/h3H,2H2,1H3はCCOになります。InChIには分子式、結合関係レイヤー(原子1–2–3)、水素の位置が記載されており、SMILESでは同じ分子をわずか3文字で表します。
FAQ
立体化学は保持されますか?InChIに立体レイヤー(/t、/m、/s、/b)が含まれていれば、SMILESの@や/、\の記号に変換されます。他のツールとSMILESが異なるのはなぜですか?1つの分子には有効なSMILESが複数あり得ます。SMILES→InChIKeyで両方をInChIKeyに変換して比較してください。
最終更新: