محوّل XYZ إلى SMILES
باختصار: الصق ملف إحداثيات XYZ أو ارفعه، واستنتج الروابط، وحمّل البنية في لوحة ثنائية الأبعاد قابلة للتحرير، وانسخ SMILES تقريبية. الأداة مجانية وتعمل في متصفح الويب دون الحاجة إلى تنزيل.
الصق ملف إحداثيات XYZ أو ارفعه، واستنتج الروابط المرجّحة، وحمّل النتيجة في لوحة ثنائية الأبعاد قابلة للتحرير، وانسخ سلسلة SMILES تقريبية.
إجابة سريعة: لا تخزّن ملفات XYZ رتب الروابط، لذا تبني هذه الأداة أولًا ملف MOL مستنتجًا، وتترك محرر MolDraw ينظّم التخطيط ثنائي الأبعاد، ثم تقرأ SMILES من البنية القابلة للتحرير.
إدخال إحداثيات XYZ
جاهز. الصق إحداثيات XYZ وحوّلها.
صيغ الإدخال والإخراج
| الإدخال: ملف إحداثيات XYZ | الإخراج: SMILES | |
|---|---|---|
| الاسم الكامل | ملف إحداثيات XYZ | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) |
| ما الذي تحتويه | رموز العناصر وإحداثيات x وy وz فقط. لا تُخزَّن الروابط ويجب استنتاجها. | الذرات والروابط والحلقات والشحنات والكيمياء الفراغية في سطر نصي واحد. دون إحداثيات. |
| الملف أو الشكل | .xyz | ملف .smi أو نص عادي |
ملاحظات حول XYZ إلى SMILES
تخزّن ملفات XYZ عادةً رموز الذرات والإحداثيات ثلاثية الأبعاد فقط، ولا تتضمن في الغالب رتب الروابط أو الشحنات الشكلية أو العطرية أو الكيمياء الفراغية.
استخدم هذا المحوّل بوصفه أداة تقريبية. راجع الروابط المستنتجة في المحرر ثنائي الأبعاد قبل استخدام SMILES في قواعد البيانات أو أدوات النمذجة أو المنشورات أو الواجبات.
- تُخفى الهيدروجينات المرتبطة بالكربون قبل توليد SMILES كي يستخدم المحرر الهيدروجينات الضمنية المعتادة.
- تُستنتج رتب الروابط على أنها روابط أحادية؛ صحّح الروابط الثنائية والحلقات العطرية والشحنات والكيمياء الفراغية يدويًا عند الحاجة.
- للحصول أولًا على بنية مرئية قابلة للتحرير، استخدم محوّل XYZ / Gaussian إلى بنية ثنائية الأبعاد.
آخر تحديث: