Conversor de XYZ em SMILES
Em resumo: cole ou envie um arquivo de coordenadas XYZ, deduza as ligações, carregue a estrutura em uma tela 2D editável e copie um SMILES aproximado. É gratuito, funciona no navegador e não precisa de download.
Cole ou envie um arquivo de coordenadas XYZ, deduza as ligações prováveis, carregue o resultado em uma tela 2D editável e copie uma string SMILES aproximada.
Resposta rápida: arquivos XYZ não armazenam ordens de ligação, então esta ferramenta monta primeiro um arquivo MOL deduzido, deixa o editor MolDraw organizar o layout 2D e depois lê o SMILES da estrutura editável.
Coordenadas XYZ de entrada
Pronto. Cole as coordenadas XYZ e converta.
SMILES gerado e estrutura editável
Carregando o editor...Bloco MOL deduzido
Formatos de entrada e saída
| Entrada: arquivo de coordenadas XYZ | Saída: SMILES | |
|---|---|---|
| Nome completo | Arquivo de coordenadas XYZ | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) |
| O que contém | Apenas símbolos dos elementos e coordenadas x, y, z. As ligações não são armazenadas e precisam ser deduzidas. | Átomos, ligações, anéis, cargas e estereoquímica em uma única linha de texto. Sem coordenadas. |
| Arquivo ou forma | .xyz | .smi ou texto simples |
Notas sobre XYZ para SMILES
Arquivos XYZ normalmente armazenam apenas os símbolos dos átomos e as coordenadas 3D. Em geral, não incluem ordens de ligação, cargas formais, aromaticidade nem estereoquímica.
Use este conversor como uma aproximação. Revise as ligações deduzidas no editor 2D antes de usar o SMILES em bancos de dados, ferramentas de modelagem, publicações ou trabalhos.
- Os hidrogênios ligados a carbono são ocultados antes de gerar o SMILES, para que o editor use os hidrogênios implícitos normais.
- As ordens de ligação são deduzidas como ligações simples; corrija manualmente ligações duplas, anéis aromáticos, cargas e estereoquímica quando necessário.
- Para ter primeiro uma estrutura visual editável, use o conversor de XYZ / Gaussian para estrutura 2D.
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