MOL2→SMILES変換ツール
概要：公開リゾルバーを利用したベストエフォート方式で、MOL2テキストをSMILESに変換します。無料でWebブラウザ上で動作し、インストールは不要です。
MOL2の内容をSMILESに変換します。小さめのリガンドのMOL2ブロックに最適です。
入力形式と出力形式
| 入力：MOL2 | 出力：SMILES | |
|---|---|---|
| 正式名称 | MOL2（Tripos Mol2） | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) |
| 含まれる情報 | 3D座標、結合、原子タイプ、部分電荷。 | 原子、結合、環、電荷、立体化学を1行のテキストで表現。座標は含まない。 |
| ファイル・形式 | .mol2 | .smi またはプレーンテキスト |
ファイル形式の解説
MOL2はドッキングや分子モデリングで使われるTripos社の構造フォーマットです。原子座標、原子タイプ、部分構造レコード、結合、電荷の値を含められます。
SMILESは結合関係に着目した1行の分子識別子です。モデリング作業で得たリガンドを検索可能な文字列にしたいとき、MOL2からSMILESへの変換が役立ちます。
MOL2ファイルには、SMILESでは保持されない原子タイプや電荷の情報が含まれることがあります。変換後は立体化学とプロトン化状態を確認してください。
MOL2ファイルについて
Tripos MOL2形式は分子モデリングやドッキングでよく使われます。MOLファイルと異なり、SYBYL原子タイプ（芳香族炭素のC.arやアミド窒素のN.amなど）、部分電荷、部分構造の情報を、@<TRIPOS>MOLECULE、@<TRIPOS>ATOM、@<TRIPOS>BONDのようなタグで始まるセクションに格納します。ドッキングプログラムやリガンドライブラリでは、分子がMOL2で提供されることがよくあります。
SMILESに変換する理由
SMILESははるかに読みやすく、保存や検索も簡単です。ドッキングしたリガンドやライブラリのエントリーをSMILESに変換すれば、化合物の同定、スプレッドシートへの貼り付け、図のための再描画ができます。
使い方
- .mol2ファイルをテキストエディタで開き、
@<TRIPOS>MOLECULEから結合セクションまでの1分子分をコピーします。 - 貼り付けて変換します。
- SMILES→構造式で描画してSMILESを確認します。
注意：ドッキング用に準備されたファイルには明示的な水素や特定のプロトン化状態が含まれることが多いため、SMILESにプロトン化アミンのような荷電基が現れることがあります。
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