SMILES-in-MOL-Konverter
Kurz gesagt: Wandle SMILES-Strings in MOL-Strukturdateien um, damit sie in anderen Programmen funktionieren. Kostenlos, läuft im Webbrowser und braucht keinen Download.
SMILES in das herunterladbare MOL-Format umwandeln – kompatibel mit Struktureditoren und ELNs.
Eingabe- und Ausgabeformate
| Eingabe: SMILES | Ausgabe: MOL-Datei | |
|---|---|---|
| Vollständiger Name | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | MOL-Datei (MDL Molfile) |
| Inhalt | Atome, Bindungen, Ringe, Ladungen und Stereochemie als eine Textzeile. Keine Koordinaten. | Eine Atomliste mit 2D- oder 3D-Koordinaten und eine Bindungstabelle für ein Molekül. |
| Datei oder Form | .smi oder Klartext | .mol |
Dateiformate erklärt
SMILES ist eine kompakte, einzeilige Textkennung für ein Molekül. Sie lässt sich leicht in Datenbanken, Skripte und Web-Tools einfügen, speichert aber kein gezeichnetes 2D-Layout.
MOL, auch Molfile genannt, speichert Atom- und Bindungstabellen mit Koordinaten. Verwende MOL, wenn ein Editor, ein ELN oder ein Cheminformatik-Tool statt einer Textkennung eine bearbeitbare Strukturdatei braucht.
Prüfe nach der Umwandlung Stereochemie, Ladungen und aromatische Ringe, bevor du die MOL-Datei für Publikationen, Registrierung oder Berechnungen verwendest.
Was eine MOL-Datei enthält
SMILES beschreibt, welche Atome miteinander verbunden sind, enthält aber keine Koordinaten. Eine MOL-Datei ergänzt ein 2D-Layout: Jedes Atom erhält x- und y-Koordinaten, sodass andere Programme das Molekül anzeigen können, ohne ein Layout neu zu berechnen. Damit ist MOL eine sichere Wahl, wenn du eine Struktur in ChemDraw-kompatible Software, elektronische Laborbücher oder Registrierungssysteme überträgst.
Die Ausgabe lesen
- Zeilen 1–3: Kopfzeilen (Name, Programm, Kommentar).
- Counts-Zeile: Anzahl der Atome und Bindungen sowie die Versionskennung V2000.
- Atomblock: eine Zeile pro Atom mit x-, y-, z-Koordinaten und Elementsymbol.
- Bindungsblock: Paare von Atomnummern und der Bindungstyp (1 Einfach-, 2 Doppel-, 3 Dreifachbindung).
M ENDschließt den Datensatz ab.
So funktioniert es
- Füge einen SMILES ein, z. B.
CCO(Ethanol). - Umwandeln und den MOL-Text herunterladen oder kopieren.
- Speichere ihn mit der Endung .mol und öffne ihn in deinem Zielprogramm.
Mehrere Moleküle in einer Datei? Verwende SMILES in SDF. Du brauchst 3D-Koordinaten für die Modellierung? Probiere SMILES in PDB.
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