محوّل SMILES إلى MOL
باختصار: حوّل سلاسل SMILES إلى ملفات بنية MOL لضمان التوافق مع البرامج الأخرى. الأداة مجانية وتعمل في متصفح الويب دون الحاجة إلى تنزيل.
حوّل SMILES إلى صيغة MOL قابلة للتنزيل للتوافق مع المحررات ودفاتر المختبر الإلكترونية (ELN).
صيغ الإدخال والإخراج
| الإدخال: SMILES | الإخراج: ملف MOL | |
|---|---|---|
| الاسم الكامل | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | ملف MOL (MDL Molfile) |
| ما الذي تحتويه | الذرات والروابط والحلقات والشحنات والكيمياء الفراغية في سطر نصي واحد. دون إحداثيات. | قائمة ذرات بإحداثيات ثنائية أو ثلاثية الأبعاد وجدول روابط لجزيء واحد. |
| الملف أو الشكل | ملف .smi أو نص عادي | .mol |
شرح صيغة الملف
SMILES معرّف نصي مختصر من سطر واحد للجزيء. يسهل لصقه في قواعد البيانات والبرامج النصية وأدوات الويب، لكنه لا يخزّن تخطيطًا مرسومًا ثنائي الأبعاد.
MOL، ويُسمّى أيضًا molfile، يخزّن جداول الذرات والروابط مع الإحداثيات. استخدم MOL عندما يحتاج محرر أو دفتر مختبر إلكتروني أو أداة معلوماتية كيميائية إلى ملف بنية قابل للتحرير بدلًا من معرّف نصي.
بعد التحويل، تحقّق من الكيمياء الفراغية والشحنات والحلقات العطرية قبل استخدام ملف MOL في النشر أو التسجيل أو الحسابات.
ما الذي يحتويه ملف MOL
يصف SMILES الذرات المرتبطة ببعضها، لكنه لا يحمل أي إحداثيات. أما ملف MOL فيضيف تخطيطًا ثنائي الأبعاد: تحصل كل ذرة على إحداثيين x وy، فتتمكن البرامج الأخرى من عرض الجزيء دون إعادة حساب التخطيط. وهذا يجعل MOL خيارًا آمنًا عند نقل بنية إلى برامج متوافقة مع ChemDraw أو دفاتر المختبر الإلكترونية أو أنظمة التسجيل.
قراءة الناتج
- الأسطر 1–3: الترويسة (الاسم، البرنامج، تعليق).
- سطر الأعداد: عدد الذرات والروابط، إضافةً إلى وسم الإصدار V2000.
- كتلة الذرات: سطر لكل ذرة يتضمن الإحداثيات x وy وz ورمز العنصر.
- كتلة الروابط: أزواج من أرقام الذرات ونوع الرابطة (1 أحادية، 2 ثنائية، 3 ثلاثية).
M ENDيُنهي السجل.
طريقة الاستخدام
- الصق سلسلة SMILES مثل
CCO(الإيثانول). - حوّلها ثم نزّل نص MOL أو انسخه.
- احفظه بامتداد .mol وافتحه في البرنامج الذي تريده.
هل تحتاج إلى عدة جزيئات في ملف واحد؟ استخدم SMILES إلى SDF. هل تحتاج إلى إحداثيات ثلاثية الأبعاد للنمذجة؟ جرّب SMILES إلى PDB.
آخر تحديث: