Convertidor de SMILES a MOL
En resumen: convierte cadenas SMILES en archivos de estructura MOL para garantizar la compatibilidad entre programas. Es gratuito, funciona en tu navegador y no requiere descargas.
Convierte SMILES a formato MOL descargable, compatible con editores y cuadernos de laboratorio electrónicos (ELN).
Formatos de entrada y salida
| Entrada: SMILES | Salida: archivo MOL | |
|---|---|---|
| Nombre completo | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | Archivo MOL (MDL Molfile) |
| Qué contiene | Átomos, enlaces, anillos, cargas y estereoquímica en una sola línea de texto. Sin coordenadas. | Una lista de átomos con coordenadas 2D o 3D y una tabla de enlaces para una molécula. |
| Archivo o forma | .smi o texto plano | .mol |
Formatos de archivo
SMILES es un identificador de texto compacto de una sola línea para una molécula. Es fácil de pegar en bases de datos, scripts y herramientas web, pero no almacena una disposición 2D dibujada.
MOL, también llamado molfile, almacena tablas de átomos y enlaces con coordenadas. Usa MOL cuando un editor, un ELN o una herramienta de quimioinformática necesite un archivo de estructura editable en lugar de un identificador de texto.
Tras la conversión, comprueba la estereoquímica, las cargas y los anillos aromáticos antes de usar el archivo MOL en publicaciones, registros o cálculos.
Qué contiene un archivo MOL
El SMILES describe qué átomos están enlazados, pero no incluye coordenadas. Un archivo MOL añade una disposición 2D: cada átomo recibe coordenadas x e y, de modo que otros programas pueden mostrar la molécula sin recalcular la disposición. Por eso MOL es una opción segura al trasladar una estructura a software compatible con ChemDraw, cuadernos de laboratorio electrónicos o sistemas de registro.
Cómo leer la salida
- Líneas 1–3: cabecera (nombre, programa, comentario).
- Línea de recuentos: número de átomos y de enlaces, más la etiqueta de versión V2000.
- Bloque de átomos: una línea por átomo con las coordenadas x, y, z y el símbolo del elemento.
- Bloque de enlaces: pares de números de átomo y el tipo de enlace (1 sencillo, 2 doble, 3 triple).
M ENDcierra el registro.
Cómo usarlo
- Pega un SMILES como
CCO(etanol). - Convierte y descarga o copia el texto MOL.
- Guárdalo con la extensión .mol y ábrelo en el programa de destino.
¿Necesitas varias moléculas en un solo archivo? Usa SMILES a SDF. ¿Necesitas coordenadas 3D para modelado? Prueba SMILES a PDB.
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