SMILES 转 MOL 转换器
简而言之:将 SMILES 字符串转换为 MOL 结构文件,方便在各类软件中使用。免费使用,在网页浏览器中运行,无需下载。
将 SMILES 转换为可下载的 MOL 格式,兼容各类编辑器和电子实验记录本(ELN)。
MOL 输出将显示在这里。
输入与输出格式
| 输入:SMILES | 输出:MOL 文件 | |
|---|---|---|
| 全称 | SMILES(简化分子线性输入规范) | MOL 文件(MDL Molfile) |
| 包含的信息 | 以一行文本表示原子、化学键、环、电荷和立体化学,不含坐标。 | 单个分子的原子列表(含 2D 或 3D 坐标)和键表。 |
| 文件或形式 | .smi 或纯文本 | .mol |
文件格式说明
SMILES 是一种紧凑的单行分子文本标识符,便于粘贴到数据库、脚本和网页工具中,但不保存绘制好的 2D 布局。
MOL(也称 molfile)保存带坐标的原子表和键表。当编辑器、ELN 或化学信息学工具需要可编辑的结构文件而不是文本标识符时,请使用 MOL。
转换后,在将 MOL 文件用于发表、登记或计算之前,请检查立体化学、电荷和芳香环。
MOL 文件包含什么
SMILES 描述了哪些原子相连,但不包含坐标。MOL 文件增加了 2D 布局:每个原子都有 x 和 y 坐标,其他程序无需重新计算布局即可显示分子。因此,把结构导入兼容 ChemDraw 的软件、电子实验记录本或登记系统时,MOL 是稳妥的选择。
输出解读
- 第 1–3 行:标题(名称、程序、注释)。
- 计数行:原子数和键数,以及版本标记 V2000。
- 原子块:每个原子一行,包含 x、y、z 坐标和元素符号。
- 键块:成对的原子编号和键类型(1 单键、2 双键、3 三键)。
M END结束该记录。
使用方法
- 粘贴一个 SMILES,例如
CCO(乙醇)。 - 转换后下载或复制 MOL 文本。
- 以 .mol 扩展名保存,并在目标程序中打开。
需要在一个文件中放多个分子?请使用 SMILES 转 SDF。建模需要 3D 坐标?试试 SMILES 转 PDB。
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