Конвертер SMILES в MOL

Коротко: преобразуйте строки SMILES в файлы структур MOL для совместимости с другими программами. Бесплатно, работает в браузере и не требует загрузки.

Преобразуйте SMILES в загружаемый формат MOL для совместимости с редакторами и электронными лабораторными журналами.

Описание форматов файлов

SMILES — компактный однострочный текстовый идентификатор молекулы. Его легко вставлять в базы данных, скрипты и веб-инструменты, но он не хранит нарисованную 2D-раскладку.

MOL, или molfile, хранит таблицы атомов и связей с координатами. Используйте MOL, когда редактору, электронному журналу или хемоинформатическому инструменту нужен редактируемый файл структуры, а не текстовый идентификатор.

После преобразования проверьте стереохимию, заряды и ароматические кольца, прежде чем использовать файл MOL в публикациях, регистрации или вычислениях.

Что содержит файл MOL

SMILES описывает, какие атомы связаны, но не содержит координат. Файл MOL добавляет 2D-раскладку: каждый атом получает координаты x и y, поэтому другие программы могут показать молекулу без пересчёта раскладки. Поэтому MOL — надёжный выбор для переноса структуры в программы, совместимые с ChemDraw, электронные лабораторные журналы или системы регистрации.

Как читать вывод

• Строки 1–3: заголовок (название, программа, комментарий).
• Строка счётчиков: число атомов и связей, а также метка версии V2000.
• Блок атомов: по одной строке на атом с координатами x, y, z и символом элемента.
• Блок связей: пары номеров атомов и тип связи (1 — одинарная, 2 — двойная, 3 — тройная).
• M END завершает запись.

Как пользоваться

1. Вставьте SMILES, например CCO (этанол).
2. Выполните преобразование и скачайте или скопируйте текст MOL.
3. Сохраните его с расширением .mol и откройте в нужной программе.

Нужно несколько молекул в одном файле? Используйте SMILES в SDF. Нужны 3D-координаты для моделирования? Попробуйте SMILES в PDB.