Chuyển SMILES sang MOL

Tóm tắt: Chuyển chuỗi SMILES thành tệp cấu trúc MOL để tương thích với các quy trình khác. Miễn phí, chạy trên trình duyệt web và không cần tải xuống.

Chuyển SMILES sang định dạng MOL tải xuống được, tương thích với trình soạn thảo và sổ thí nghiệm điện tử (ELN).

Giải thích định dạng tệp

SMILES là mã định danh văn bản một dòng gọn cho phân tử. Dễ dán vào cơ sở dữ liệu, script và công cụ web, nhưng không lưu bố cục 2D đã vẽ.

MOL, còn gọi là molfile, lưu bảng nguyên tử và liên kết kèm tọa độ. Dùng MOL khi trình soạn thảo, ELN hoặc công cụ tin học hóa học cần tệp cấu trúc có thể chỉnh sửa thay vì mã định danh văn bản.

Sau khi chuyển đổi, hãy kiểm tra lập thể, điện tích và vòng thơm trước khi dùng tệp MOL để công bố, đăng ký hoặc tính toán.

Tệp MOL chứa gì

SMILES mô tả nguyên tử nào liên kết với nhau nhưng không có tọa độ. Tệp MOL bổ sung bố cục 2D: mỗi nguyên tử có tọa độ x và y, nên các chương trình khác có thể hiển thị phân tử mà không cần tính lại bố cục. Vì vậy MOL là lựa chọn an toàn khi chuyển cấu trúc sang phần mềm tương thích ChemDraw, sổ thí nghiệm điện tử hoặc hệ thống đăng ký.

Đọc đầu ra

• Dòng 1–3: phần đầu (tên, chương trình, ghi chú).
• Dòng đếm: số nguyên tử và số liên kết, cùng nhãn phiên bản V2000.
• Khối nguyên tử: mỗi nguyên tử một dòng với tọa độ x, y, z và ký hiệu nguyên tố.
• Khối liên kết: cặp số thứ tự nguyên tử và loại liên kết (1 đơn, 2 đôi, 3 ba).
• M END kết thúc bản ghi.

Cách sử dụng

1. Dán SMILES như CCO (ethanol).
2. Chuyển đổi rồi tải xuống hoặc sao chép văn bản MOL.
3. Lưu với đuôi .mol và mở trong chương trình bạn cần.

Cần nhiều phân tử trong một tệp? Dùng SMILES sang SDF. Cần tọa độ 3D để mô hình hóa? Thử SMILES sang PDB.