เครื่องมือแปลง SMILES เป็น MOL
สรุปสั้น ๆ: แปลงสตริง SMILES เป็นไฟล์โครงสร้าง MOL เพื่อใช้กับโปรแกรมอื่น ใช้งานฟรี ทำงานในเว็บเบราว์เซอร์ และไม่ต้องดาวน์โหลด
แปลง SMILES เป็นรูปแบบ MOL ที่ดาวน์โหลดได้ เพื่อใช้กับตัวแก้ไขและสมุดบันทึกการทดลองอิเล็กทรอนิกส์ (ELN)
รูปแบบอินพุตและเอาต์พุต
| อินพุต: SMILES | เอาต์พุต: ไฟล์ MOL | |
|---|---|---|
| ชื่อเต็ม | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | ไฟล์ MOL (MDL Molfile) |
| ข้อมูลที่เก็บ | อะตอม พันธะ วง ประจุ และสเตอริโอเคมีในข้อความบรรทัดเดียว ไม่มีพิกัด | รายการอะตอมพร้อมพิกัด 2 มิติหรือ 3 มิติ และตารางพันธะของโมเลกุลหนึ่งโมเลกุล |
| ไฟล์หรือรูปแบบ | .smi หรือข้อความธรรมดา | .mol |
อธิบายรูปแบบไฟล์
SMILES เป็นตัวระบุโมเลกุลแบบข้อความบรรทัดเดียวที่กะทัดรัด วางลงในฐานข้อมูล สคริปต์ และเครื่องมือเว็บได้ง่าย แต่ไม่เก็บการจัดวางภาพ 2 มิติ
MOL หรือ molfile เก็บตารางอะตอมและพันธะพร้อมพิกัด ใช้ MOL เมื่อตัวแก้ไข ELN หรือเครื่องมือเคมีสารสนเทศต้องการไฟล์โครงสร้างที่แก้ไขได้แทนตัวระบุแบบข้อความ
หลังแปลงแล้ว ให้ตรวจสเตอริโอเคมี ประจุ และวงอะโรมาติกก่อนนำไฟล์ MOL ไปใช้ในการตีพิมพ์ การลงทะเบียนสาร หรืองานคำนวณ
ไฟล์ MOL มีอะไรบ้าง
SMILES บอกว่าอะตอมใดสร้างพันธะกัน แต่ไม่มีพิกัด ไฟล์ MOL เพิ่มการจัดวาง 2 มิติ: อะตอมแต่ละตัวมีพิกัด x และ y ทำให้โปรแกรมอื่นแสดงโมเลกุลได้โดยไม่ต้องคำนวณการจัดวางใหม่ MOL จึงเป็นตัวเลือกที่ปลอดภัยเมื่อย้ายโครงสร้างไปยังซอฟต์แวร์ที่เข้ากันได้กับ ChemDraw สมุดบันทึกการทดลองอิเล็กทรอนิกส์ หรือระบบลงทะเบียนสาร
การอ่านผลลัพธ์
- บรรทัดที่ 1–3: ส่วนหัว (ชื่อ โปรแกรม หมายเหตุ)
- บรรทัดจำนวน: จำนวนอะตอมและพันธะ พร้อมแท็กเวอร์ชัน V2000
- บล็อกอะตอม: หนึ่งบรรทัดต่ออะตอม พร้อมพิกัด x, y, z และสัญลักษณ์ธาตุ
- บล็อกพันธะ: คู่หมายเลขอะตอมและชนิดพันธะ (1 เดี่ยว, 2 คู่, 3 สาม)
M ENDปิดท้ายระเบียน
วิธีใช้
- วาง SMILES เช่น
CCO(เอทานอล) - แปลงแล้วดาวน์โหลดหรือคัดลอกข้อความ MOL
- บันทึกด้วยนามสกุล .mol แล้วเปิดในโปรแกรมที่ต้องการ
ต้องการหลายโมเลกุลในไฟล์เดียวหรือเปล่า? ใช้ SMILES เป็น SDF ต้องการพิกัด 3 มิติสำหรับสร้างแบบจำลองหรือเปล่า? ลอง SMILES เป็น PDB
อัปเดตล่าสุด: