Konverter SMILES ke MOL
Singkatnya: Ubah string SMILES menjadi file struktur MOL untuk kompatibilitas alur kerja. Gratis, berjalan di peramban web Anda, dan tidak perlu diunduh.
Ubah SMILES ke format MOL yang dapat diunduh agar kompatibel dengan editor dan ELN.
Format masukan dan keluaran
| Masukan: SMILES | Keluaran: file MOL | |
|---|---|---|
| Nama lengkap | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | File MOL (MDL Molfile) |
| Isi data | Atom, ikatan, cincin, muatan, dan stereo dalam satu baris teks. Tanpa koordinat. | Daftar atom dengan koordinat 2D atau 3D dan tabel ikatan untuk satu molekul. |
| File atau bentuk | .smi atau teks biasa | .mol |
Penjelasan Format File
SMILES adalah pengenal teks satu baris yang ringkas untuk suatu molekul. Mudah ditempel ke basis data, skrip, dan alat web, tetapi tidak menyimpan tata letak 2D yang digambar.
MOL, juga disebut molfile, menyimpan tabel atom dan ikatan beserta koordinatnya. Gunakan MOL jika editor, ELN, atau alat keminformatika memerlukan file struktur yang dapat diedit, bukan pengenal teks.
Setelah konversi, periksa stereokimia, muatan, dan cincin aromatik sebelum menggunakan file MOL untuk publikasi, registrasi, atau alur kerja komputasi.
Isi file MOL
SMILES menjelaskan atom mana yang berikatan, tetapi tidak membawa koordinat. File MOL menambahkan tata letak 2D: setiap atom mendapat koordinat x dan y, sehingga program lain dapat menampilkan molekul tanpa menghitung ulang tata letaknya. Karena itu MOL adalah pilihan aman saat Anda memindahkan struktur ke perangkat lunak yang kompatibel dengan ChemDraw, buku catatan laboratorium elektronik, atau sistem registrasi.
Membaca keluarannya
- Baris 1–3: header (nama, program, komentar).
- Baris hitungan: jumlah atom dan ikatan, ditambah tanda versi V2000.
- Blok atom: satu baris per atom dengan koordinat x, y, z dan lambang unsur.
- Blok ikatan: pasangan nomor atom dan jenis ikatan (1 tunggal, 2 rangkap dua, 3 rangkap tiga).
M ENDmenutup catatan.
Cara menggunakannya
- Tempel SMILES seperti
CCO(etanol). - Konversi lalu unduh atau salin teks MOL.
- Simpan dengan ekstensi .mol dan buka di program tujuan Anda.
Perlu beberapa molekul dalam satu file? Gunakan SMILES ke SDF. Perlu koordinat 3D untuk pemodelan? Coba SMILES ke PDB.
Terakhir diperbarui: