Convertitore da SMILES a MOL

In breve: Converti stringhe SMILES in file di struttura MOL per la compatibilità tra programmi. È gratuito, funziona nel browser e non richiede download.

Converti SMILES in formato MOL scaricabile, compatibile con editor e quaderni di laboratorio elettronici (ELN).

Formati di file spiegati

SMILES è un identificatore testuale compatto di una molecola su una sola riga. È facile da incollare in database, script e strumenti web, ma non memorizza un layout 2D disegnato.

MOL, detto anche molfile, memorizza tabelle di atomi e legami con le coordinate. Usa MOL quando un editor, un ELN o uno strumento di chemioinformatica richiede un file di struttura modificabile invece di un identificatore testuale.

Dopo la conversione, controlla stereochimica, cariche e anelli aromatici prima di usare il file MOL per pubblicazioni, registrazioni o calcoli.

Cosa contiene un file MOL

Lo SMILES descrive quali atomi sono legati, ma non contiene coordinate. Un file MOL aggiunge un layout 2D: ogni atomo riceve coordinate x e y, così altri programmi possono visualizzare la molecola senza ricalcolarne la disposizione. Per questo MOL è una scelta sicura quando trasferisci una struttura in software compatibili con ChemDraw, quaderni di laboratorio elettronici o sistemi di registrazione.

Come leggere il risultato

• Righe 1–3: intestazione (nome, programma, commento).
• Riga dei conteggi: numero di atomi e legami, più l'indicatore di versione V2000.
• Blocco degli atomi: una riga per atomo con coordinate x, y, z e simbolo dell'elemento.
• Blocco dei legami: coppie di numeri di atomi e tipo di legame (1 singolo, 2 doppio, 3 triplo).
• M END chiude il record.

Come si usa

1. Incolla uno SMILES come CCO (etanolo).
2. Converti e scarica o copia il testo MOL.
3. Salvalo con estensione .mol e aprilo nel programma di destinazione.

Ti servono più molecole in un unico file? Usa Da SMILES a SDF. Ti servono coordinate 3D per la modellistica? Prova Da SMILES a PDB.