Conversor de SMILES em MOL

Em resumo: Converta strings SMILES em arquivos de estrutura MOL para garantir compatibilidade entre programas. É gratuito, funciona no navegador e não precisa de download.

Converta SMILES no formato MOL para download, compatível com editores e cadernos eletrônicos de laboratório (ELN).

Formatos de arquivo explicados

SMILES é um identificador de texto compacto, de uma linha, para uma molécula. É fácil de colar em bancos de dados, scripts e ferramentas web, mas não armazena um layout 2D desenhado.

MOL, também chamado molfile, armazena tabelas de átomos e ligações com coordenadas. Use MOL quando um editor, ELN ou ferramenta de quimioinformática precisar de um arquivo de estrutura editável em vez de um identificador de texto.

Depois da conversão, confira a estereoquímica, as cargas e os anéis aromáticos antes de usar o arquivo MOL em publicações, registros ou trabalhos computacionais.

O que um arquivo MOL contém

O SMILES descreve quais átomos estão ligados, mas não traz coordenadas. Um arquivo MOL acrescenta um layout 2D: cada átomo recebe coordenadas x e y, para que outros programas exibam a molécula sem recalcular o layout. Isso torna o MOL uma escolha segura ao levar uma estrutura para programas compatíveis com o ChemDraw, cadernos eletrônicos de laboratório ou sistemas de registro.

Lendo a saída

• Linhas 1–3: cabeçalho (nome, programa, comentário).
• Linha de contagem: número de átomos e ligações, mais a marca de versão V2000.
• Bloco de átomos: uma linha por átomo com as coordenadas x, y, z e o símbolo do elemento.
• Bloco de ligações: pares de números de átomos e o tipo de ligação (1 simples, 2 dupla, 3 tripla).
• M END fecha o registro.

Como usar

1. Cole um SMILES como CCO (etanol).
2. Converta e baixe ou copie o texto MOL.
3. Salve com a extensão .mol e abra no programa de destino.

Precisa de várias moléculas em um só arquivo? Use SMILES para SDF. Precisa de coordenadas 3D para modelagem? Experimente SMILES para PDB.