SMILES-naar-MOL-converter

Kort gezegd: Zet SMILES-strings om in MOL-structuurbestanden voor gebruik in andere software. Gratis, werkt in je webbrowser en zonder download.

Zet SMILES om in een downloadbaar MOL-formaat voor compatibiliteit met editors en ELN's.

Bestandsformaat uitgelegd

SMILES is een compacte tekstidentificatie van één regel voor een molecuul. Het is makkelijk te plakken in databanken, scripts en webtools, maar slaat geen getekende 2D-opmaak op.

MOL, ook wel molfile genoemd, slaat atoom- en bindingstabellen met coördinaten op. Gebruik MOL wanneer een editor, ELN of chemo-informaticatool een bewerkbaar structuurbestand nodig heeft in plaats van een tekstidentificatie.

Controleer na de omzetting stereochemie, ladingen en aromatische ringen voordat je het MOL-bestand gebruikt in publicaties, registratie of computationele workflows.

Wat een MOL-bestand bevat

SMILES beschrijft welke atomen gebonden zijn, maar bevat geen coördinaten. Een MOL-bestand voegt een 2D-opmaak toe: elk atoom krijgt x- en y-coördinaten, zodat andere programma's het molecuul kunnen tonen zonder de opmaak opnieuw te berekenen. Daardoor is MOL een veilige keuze als je een structuur overzet naar ChemDraw-compatibele software, elektronische labjournaals of registratiesystemen.

De uitvoer lezen

• Regel 1–3: kop (naam, programma, opmerking).
• Telregel: aantal atomen en bindingen, plus de versie-aanduiding V2000.
• Atoomblok: één regel per atoom met x-, y- en z-coördinaten en het elementsymbool.
• Bindingsblok: paren atoomnummers en het bindingstype (1 enkel, 2 dubbel, 3 drievoudig).
• M END sluit het record af.

Zo gebruik je het

1. Plak een SMILES zoals CCO (ethanol).
2. Zet om en download of kopieer de MOL-tekst.
3. Sla het op met de extensie .mol en open het in het gewenste programma.

Meerdere moleculen in één bestand nodig? Gebruik SMILES naar SDF. 3D-coördinaten nodig voor modellering? Probeer SMILES naar PDB.