SMILES 轉 MOL 轉換器
重點摘要:將 SMILES 字串轉成 MOL 結構檔,方便相容流程使用。免費、在網頁瀏覽器中執行,無需下載。
將 SMILES 轉成可下載的 MOL 格式,與編輯器及電子實驗紀錄本相容。
MOL 輸出會顯示在這裡。
輸入與輸出格式
| 輸入:SMILES | 輸出:MOL 檔 | |
|---|---|---|
| 全名 | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | MOL 檔(MDL Molfile) |
| 內容 | 以一行文字表示原子、鍵、環、電荷與立體化學。不含座標。 | 單一分子的原子清單(含 2D 或 3D 座標)與鍵結表。 |
| 檔案或形式 | .smi 或純文字 | .mol |
檔案格式說明
SMILES 是分子的精簡單行文字識別碼。方便貼到資料庫、程式腳本與網頁工具中,但不儲存繪製的 2D 版面。
MOL 又稱 molfile,儲存含座標的原子與鍵結表。當編輯器、電子實驗紀錄本或化學資訊工具需要可編輯的結構檔而非文字識別碼時,請使用 MOL。
轉換後,將 MOL 檔用於發表、登錄或計算流程之前,請先檢查立體化學、電荷與芳香環。
MOL 檔包含什麼
SMILES 描述哪些原子相連,但不含座標。MOL 檔加入 2D 版面:每個原子都有 x 與 y 座標,其他程式不必重新計算版面即可顯示分子。因此將結構移到相容 ChemDraw 的軟體、電子實驗紀錄本或登錄系統時,MOL 是安全的選擇。
解讀輸出
- 第 1–3 行:標頭(名稱、程式、註解)。
- 計數行:原子數與鍵數,以及版本標記 V2000。
- 原子區塊:每個原子一行,含 x、y、z 座標與元素符號。
- 鍵結區塊:成對的原子編號與鍵類型(1 單鍵、2 雙鍵、3 參鍵)。
M END結束此紀錄。
使用方式
- 貼上 SMILES,例如
CCO(乙醇)。 - 轉換後下載或複製 MOL 文字。
- 以 .mol 副檔名儲存,再於目標程式中開啟。
需要在一個檔案中放多個分子嗎?請使用 SMILES 轉 SDF。需要用於模擬的 3D 座標嗎?試試 SMILES 轉 PDB。
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