MolDraw › Alat kimia › Konverter Kimia Massal
Konverter Kimia Massal (CSV masuk, CSV keluar)
Singkatnya: Ubah seluruh daftar SMILES, nama, nomor CAS, CID PubChem, InChI, atau InChIKey sekaligus. Dapatkan SMILES kanonis, rumus, berat molekul, massa eksak, InChI, InChIKey, nama IUPAC, LogP, TPSA, donor dan akseptor ikatan H, serta pemeriksaan Lipinski, lalu unduh CSV, TSV, atau SDF. Gratis, berjalan di peramban web Anda, dan tidak perlu diunduh.
Tempel satu pengenal per baris atau buka file CSV, TSV, atau TXT. SMILES diproses di perangkat Anda, hingga 5.000 baris per proses. Nama (dalam bahasa Inggris), nomor CAS, dan pengenal lain terlebih dahulu dicari di PubChem; baris tersebut ditandai online.
CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O, menghasilkan C9H8O4, BM 180,159 g/mol, massa eksak 180,0423, TPSA 63,6 Ų, 1 donor, 4 akseptor, dan Lipinski Lolos. Lalu tekan Unduh CSV.Keluaran
Siap.
Cara mengonversi daftar bahan kimia
- Tempel daftar Anda, atau tekan Buka CSV / TSV / TXT. Satu nilai per baris bisa digunakan, begitu pula spreadsheet yang disimpan sebagai CSV.
- Periksa baris di bawah kotak. Baris itu menunjukkan berapa baris dan kolom yang terbaca serta pemisah apa yang ditemukan.
- Untuk tabel, pilih Kolom pengenal dan centang Baris pertama adalah header jika baris 1 berisi nama kolom.
- Biarkan Jenis masukan pada Deteksi untuk setiap baris, atau paksa SMILES, Nama, Nomor CAS, CID PubChem, InChI, atau InChIKey.
- Centang Keluaran yang Anda perlukan. Keluaran bertanda online memerlukan pencarian internet.
- Tekan Konversi. Bilah kemajuan menunjukkan baris yang selesai, galat, dan pencarian online. Tekan Berhenti untuk mengakhiri lebih awal dan menyimpan yang sudah selesai.
- Periksa pratinjau, lalu tekan Unduh CSV, Unduh TSV, atau Unduh SDF.
Masukan dan keluaran
| Masukan | Contoh | Cara dibaca |
|---|---|---|
| SMILES | CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C | Di perangkat Anda |
| Nama (umum atau IUPAC, bahasa Inggris) | caffeine | Online, PubChem |
| Nomor Registri CAS | 58-08-2 | Digit pemeriksa diuji, lalu PubChem |
| CID PubChem | 2519 | Online, PubChem |
| InChI | InChI=1S/C8H10N4O2/… | Online, PubChem |
| InChIKey | RYYVLZVUVIJVGH-UHFFFAOYSA-N | Online, PubChem |
Arti setiap keluaran
| Hasil | Arti | Sumber |
|---|---|---|
| SMILES kanonis | Satu SMILES standar per struktur, sehingga duplikat cocok | Lokal |
| Rumus molekul | Urutan Hill (C, H, lalu A–Z), muatan total ditambahkan | Lokal |
| MW (g/mol) | Massa molar rata-rata dari massa atom standar | Lokal |
| Massa eksak | Massa monoisotopik (isotop paling melimpah dari setiap unsur), untuk spektrometri massa | Lokal |
| InChI, InChIKey | Pengenal IUPAC standar untuk pencarian basis data | Online |
| Nama IUPAC | Nama sistematis dari PubChem, bila senyawa tercantum | Online |
| cLogP | Koefisien partisi oktanol–air hasil hitungan | Lokal |
| TPSA (Ų) | Luas permukaan polar topologis dari kontribusi N dan O | Lokal |
| HBD, HBA | Donor ikatan H (N–H, O–H) dan akseptor (atom N dan O) | Lokal |
| Lipinski | Lolos jika paling banyak satu batas aturan lima dilanggar | Lokal |
Contoh pengerjaan
Aspirin dari SMILES
CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O
C9H8O4, massa eksak 180,0423, TPSA 63,6 Ų, HBD 1, HBA 4.
BM 180,159 g/mol, Lipinski Lolos
Kafein dari nomor CAS-nya
58-08-2 lolos uji digit pemeriksa dan dicari secara online.
C8H10N4O2, TPSA 58,4 Ų, HBD 0.
BM 194,19 g/mol, InChIKey RYYVLZVUVIJVGH-UHFFFAOYSA-N
Spreadsheet dengan ID
Kolom id;smiles;IC50 dipisahkan titik koma.
Pemisah dan kolom SMILES ditemukan secara otomatis.
Kolom id dan IC50 Anda dipertahankan di samping hasil
Atorvastatin
BM 558,6 g/mol dan cLogP di atas 5.
Dua batas aturan lima dilanggar.
Lipinski Gagal (MW > 500; LogP > 5)
Kesalahan umum
- Nama di kolom SMILES. Jika Jenis masukan diatur ke SMILES, "aspirin" akan gagal. Gunakan Deteksi untuk setiap baris untuk daftar campuran.
- Excel mengubah nomor CAS Anda. Spreadsheet dapat mengubah 7732-18-5 menjadi tanggal. Format kolom sebagai teks sebelum menyimpan.
- Garam dan campuran. SMILES dengan titik, seperti
[Na+].[Cl-], diperlakukan sebagai satu entri. BM dan rumus mencakup setiap bagian. - Header terbaca sebagai data. Jika baris 1 berisi nama kolom, centang Baris pertama adalah header; jika tidak, baris itu akan muncul sebagai baris gagal.
- Membandingkan nilai LogP dari metode berbeda. cLogP dan XLogP3 sama-sama perkiraan. Gunakan satu metode untuk satu seri.
- Daftar nama yang sangat panjang. Pencarian online berjalan sekitar empat per detik. Ubah nama menjadi SMILES sekali, lalu bekerja dari file SMILES tersebut.
Ingin melihat strukturnya? Tempel SMILES apa pun ke MolDraw, editor struktur kimia online gratis, untuk menggambar, menyunting, dan mengekspornya sebagai PNG, SVG, atau MOL.
Buka editor MolDrawPertanyaan yang sering diajukan
Bagaimana cara mengubah daftar SMILES menjadi berat molekul sekaligus?
Tempel SMILES satu per baris, atau buka file CSV dan pilih kolom SMILES. Biarkan MW (g/mol) tercentang dan tekan Konversi. Setelah selesai, tekan Unduh CSV. SMILES diproses di perangkat Anda, sehingga hingga 5.000 baris hanya memerlukan beberapa detik.
Masukan mana yang memerlukan pencarian internet?
SMILES dibaca di perangkat Anda. Nama, nomor CAS, CID PubChem, InChI, dan InChIKey terlebih dahulu dicari di basis data PubChem gratis untuk mendapatkan strukturnya. Keluaran InChI, InChIKey, dan nama IUPAC juga dicari secara online. Baris online ditandai online di pratinjau dan dibatasi sekitar empat per detik.
Bisakah saya mengunggah CSV dengan beberapa kolom?
Bisa. Konverter mendeteksi pemisah koma, tab, titik koma, dan garis tegak (pipe), sel berkutip, dan byte order mark. Konverter menebak baris header dan kolom pengenal, dan Anda dapat mengubah keduanya. Centang Pertahankan kolom saya yang lain untuk menyalin ID atau nilai aktivitas Anda ke keluaran.
Apa arti kolom Lipinski?
Aturan lima Lipinski menandai penyerapan oral yang buruk bila suatu senyawa melanggar lebih dari satu dari: BM ≤ 500, LogP ≤ 5, paling banyak 5 donor ikatan H, dan paling banyak 10 akseptor ikatan H. Lolos berarti nol atau satu pelanggaran. Kolom pelanggaran mencantumkan batas mana yang dilanggar.
Mengapa LogP saya berbeda dari XLogP3 PubChem?
Ada beberapa cara memperkirakan LogP. Konverter ini menggunakan cLogP hasil hitungan dari kontribusi atom, sedangkan PubChem melaporkan XLogP3. Keduanya biasanya selisih sekitar satu satuan. Bandingkan senyawa dengan metode yang sama.
Apa isi unduhan SDF?
Satu rekaman per baris yang dikonversi: struktur 2D dengan koordinat, masukan sebagai baris judul, dan setiap keluaran yang dipilih (rumus, BM, LogP, dan seterusnya) sebagai kolom data SDF. Sebagian besar program dan basis data kimia dapat membukanya.
Mengapa suatu baris gagal?
Kolom Status memberikan alasannya: misalnya SMILES dengan cincin atau kurung yang tidak ditutup, nomor CAS dengan digit pemeriksa yang salah, atau nama yang tidak dikenal PubChem. Perbaiki masukan dan jalankan konverter lagi. Baris lain tidak terpengaruh.
Alat kimia terkait
Terakhir diperbarui: