Konverter SDF ke InChI
Singkatnya: Ubah blok SDF atau MOL menjadi string InChI standar untuk pengindeksan dan pencarian. Gratis, berjalan di peramban web Anda, dan tidak perlu diunduh.
Tempel blok SDF atau MOL dan ubah menjadi string InChI standar.
Format masukan dan keluaran
| Masukan: SDF | Keluaran: InChI | |
|---|---|---|
| Nama lengkap | SDF (Structure Data File) | InChI (IUPAC International Chemical Identifier) |
| Isi data | Satu atau beberapa rekaman MOL, masing-masing dengan bidang data opsional, dipisahkan oleh $$$$. | Pengenal teks berlapis yang dibangun dari struktur. InChI standar sama di setiap program. |
| File atau bentuk | .sdf | Teks yang diawali InChI=1S/ |
Penjelasan Format File
SDF menyimpan rekaman molekul dengan blok atom dan ikatan bergaya MOL ditambah bidang sifat opsional. Format ini umum untuk pustaka senyawa dan dataset penapisan.
InChI adalah pengenal IUPAC baku yang merepresentasikan molekul dalam bentuk teks berlapis. Mengubah SDF menjadi InChI membantu membuat pengenal yang stabil untuk pencarian, pengindeksan, dan penghapusan duplikat.
Jika SDF berisi beberapa rekaman, konversi dan periksa setiap rekaman dengan cermat. Garam, campuran, stereokimia, dan hidrogen yang hilang dapat memengaruhi InChI yang dihasilkan.
Tentang file SDF
SDF (structure-data file) pada dasarnya adalah banyak rekaman MOL yang digabungkan. Setiap rekaman diikuti bidang data opsional seperti > <NAME> atau > <CAS> dan diakhiri baris berisi $$$$. Pustaka senyawa, unduhan PubChem, dan katalog pemasok umumnya memakai SDF karena satu file dapat memuat ribuan molekul beserta sifatnya.
Mengapa membuat InChI
InChI standar memberi setiap struktur pengenal kanonis, tidak bergantung pada urutan atom dan cara menggambar. Ini berguna untuk menggabungkan pustaka, menghapus duplikat, dan mencocokkan senyawa dengan basis data publik.
Cara menggunakannya
- Buka file .sdf di editor teks biasa.
- Salin satu rekaman (dari header hingga
$$$$) lalu tempel di sini. - Konversi dan salin InChI, atau persingkat dengan InChI ke InChIKey.
Pemecahan masalah
- Rekaman dengan unsur yang tidak biasa, atom kueri, atau gugus R mungkin tidak menghasilkan InChI standar.
- File besar lebih mudah ditangani beberapa rekaman sekaligus.
- Pertahankan spasi aslinya; tabel koneksi SDF berbasis kolom.
Terakhir diperbarui: