Convertisseur MOL2 en SMILES
En bref : convertissez du texte MOL2 en SMILES grâce à un résolveur public, au mieux de ses capacités. Il est gratuit, fonctionne dans votre navigateur et ne nécessite aucun téléchargement.
Convertissez un contenu MOL2 en SMILES. Idéal pour les petits blocs MOL2 de ligands.
Formats d'entrée et de sortie
| Entrée : MOL2 | Sortie : SMILES | |
|---|---|---|
| Nom complet | MOL2 (Tripos Mol2) | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) |
| Contenu | Coordonnées 3D, liaisons, types d'atomes et charges partielles. | Atomes, liaisons, cycles, charges et stéréochimie sur une seule ligne de texte. Pas de coordonnées. |
| Fichier ou forme | .mol2 | .smi ou texte brut |
Le format expliqué
Le MOL2 est un format de structure Tripos utilisé en docking et en modélisation. Il peut contenir les coordonnées et types des atomes, des enregistrements de sous-structures, les liaisons et des valeurs de charge.
Le SMILES est un identifiant moléculaire sur une ligne, centré sur la connectivité. Convertir du MOL2 en SMILES est utile lorsque vous avez besoin d'une chaîne interrogeable pour un ligand issu d'un travail de modélisation.
Les fichiers MOL2 peuvent contenir des types d'atomes et des charges que le SMILES ne conservera pas. Vérifiez la stéréochimie et l'état de protonation après conversion.
À propos des fichiers MOL2
Le format Tripos MOL2 est courant en modélisation moléculaire et en docking. Contrairement au fichier MOL, il stocke les types d'atomes SYBYL (comme C.ar pour un carbone aromatique ou N.am pour un azote d'amide), les charges partielles et des informations de sous-structure dans des sections qui commencent par des balises comme @<TRIPOS>MOLECULE, @<TRIPOS>ATOM et @<TRIPOS>BOND. Les logiciels de docking et les bibliothèques de ligands fournissent souvent les molécules au format MOL2.
Pourquoi convertir en SMILES
Le SMILES est bien plus facile à lire, à stocker et à rechercher. Convertir en SMILES un ligand docké ou une entrée de bibliothèque permet de vérifier son identité, de le coller dans un tableur ou de le redessiner pour une figure.
Mode d'emploi
- Ouvrez le fichier .mol2 dans un éditeur de texte et copiez une molécule, de
@<TRIPOS>MOLECULEjusqu'à la fin de la section des liaisons. - Collez et convertissez.
- Vérifiez le SMILES en le dessinant avec SMILES en structure.
Attention : les fichiers préparés pour le docking incluent souvent des hydrogènes explicites et un état de protonation précis ; le SMILES peut donc présenter des groupes chargés, comme une amine protonée.
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