Convertidor de MOL2 a SMILES
En resumen: convierte texto MOL2 a SMILES mediante un flujo de trabajo aproximado con un servicio de resolución público. Es gratuito, funciona en tu navegador y no requiere descarga.
Convierte contenido MOL2 a SMILES. Ideal para bloques MOL2 de ligandos pequeños.
Formatos de entrada y salida
| Entrada: MOL2 | Salida: SMILES | |
|---|---|---|
| Nombre completo | MOL2 (Tripos Mol2) | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) |
| Qué contiene | Coordenadas 3D, enlaces, tipos de átomo y cargas parciales. | Átomos, enlaces, anillos, cargas y estereoquímica en una línea de texto. Sin coordenadas. |
| Archivo o forma | .mol2 | .smi o texto plano |
El formato de archivo explicado
MOL2 es un formato de estructuras de Tripos usado en docking y modelado. Puede incluir coordenadas de átomos, tipos de átomo, registros de subestructuras, enlaces y valores de carga.
SMILES es un identificador molecular de una línea centrado en la conectividad. Convertir MOL2 a SMILES es útil cuando necesitas una cadena buscable para un ligando procedente de un flujo de modelado.
Los archivos MOL2 pueden contener información de tipos de átomo y cargas que SMILES no conserva. Comprueba la estereoquímica y la protonación tras la conversión.
Acerca de los archivos MOL2
El formato MOL2 de Tripos es habitual en modelado molecular y docking. A diferencia de un archivo MOL, almacena tipos de átomo SYBYL (como C.ar para carbono aromático o N.am para nitrógeno de amida), cargas parciales e información de subestructuras en secciones que empiezan con etiquetas como @<TRIPOS>MOLECULE, @<TRIPOS>ATOM y @<TRIPOS>BOND. Los programas de docking y las bibliotecas de ligandos suelen proporcionar las moléculas en MOL2.
Por qué convertir a SMILES
SMILES es mucho más fácil de leer, almacenar y buscar. Convertir a SMILES un ligando acoplado o una entrada de una biblioteca te permite comprobar su identidad, pegarlo en una hoja de cálculo o volver a dibujarlo para una figura.
Cómo usarlo
- Abre el archivo .mol2 en un editor de texto y copia una molécula, desde
@<TRIPOS>MOLECULEhasta la sección de enlaces. - Pégala y conviértela.
- Comprueba el SMILES dibujándolo con SMILES a estructura.
Atención: los archivos preparados para docking suelen incluir hidrógenos explícitos y un estado de protonación concreto, así que el SMILES puede mostrar grupos cargados, como una amina protonada.
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