MOL2-in-SMILES-Konverter
Kurz gesagt: Wandle MOL2-Text über einen öffentlichen Resolver nach bestem Bemühen in SMILES um. Er ist kostenlos, läuft im Webbrowser und braucht keinen Download.
Wandle MOL2-Inhalte in SMILES um. Am besten für kleinere MOL2-Ligandenblöcke geeignet.
Eingabe- und Ausgabeformate
| Eingabe: MOL2 | Ausgabe: SMILES | |
|---|---|---|
| Vollständiger Name | MOL2 (Tripos Mol2) | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) |
| Inhalt | 3D-Koordinaten, Bindungen, Atomtypen und Partialladungen. | Atome, Bindungen, Ringe, Ladungen und Stereochemie als eine Textzeile. Keine Koordinaten. |
| Datei oder Form | .mol2 | .smi oder Klartext |
Dateiformate erklärt
MOL2 ist ein Tripos-Strukturformat, das beim Docking und in der Modellierung verwendet wird. Es kann Atomkoordinaten, Atomtypen, Substruktur-Einträge, Bindungen und Ladungswerte enthalten.
SMILES ist eine einzeilige Molekülkennung, die sich auf die Konnektivität konzentriert. Die Umwandlung von MOL2 in SMILES ist nützlich, wenn du für einen Liganden aus einem Modellierungs-Workflow einen durchsuchbaren String brauchst.
MOL2-Dateien können Atomtyp- und Ladungsinformationen enthalten, die SMILES nicht erhält. Prüfe nach der Umwandlung Stereochemie und Protonierung.
Über MOL2-Dateien
Das Tripos-MOL2-Format ist in der Molekülmodellierung und beim Docking verbreitet. Anders als eine MOL-Datei speichert es SYBYL-Atomtypen (etwa C.ar für aromatischen Kohlenstoff oder N.am für Amid-Stickstoff), Partialladungen und Substrukturinformationen in Abschnitten, die mit Tags wie @<TRIPOS>MOLECULE, @<TRIPOS>ATOM und @<TRIPOS>BOND beginnen. Docking-Programme und Ligandenbibliotheken liefern Moleküle oft im MOL2-Format.
Warum in SMILES umwandeln?
SMILES ist viel leichter zu lesen, zu speichern und zu durchsuchen. Wandelst du einen gedockten Liganden oder einen Bibliothekseintrag in SMILES um, kannst du seine Identität prüfen, ihn in eine Tabelle einfügen oder für eine Abbildung neu zeichnen.
So funktioniert es
- Öffne die .mol2-Datei in einem Texteditor und kopiere ein Molekül, von
@<TRIPOS>MOLECULEbis einschließlich des Bindungsabschnitts. - Einfügen und umwandeln.
- Prüfe den SMILES, indem du ihn mit SMILES in Struktur umwandeln zeichnest.
Achtung: Für das Docking vorbereitete Dateien enthalten oft explizite Wasserstoffatome und einen bestimmten Protonierungszustand, daher kann der SMILES geladene Gruppen wie ein protoniertes Amin zeigen.
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