Protein-Viewer
Kurz gesagt: PDB per ID oder Datei laden, Aminosäuresequenzen ansehen, einzelne Ketten gestalten und ausgewählte Sequenzabschnitte hervorheben. Das Tool ist kostenlos, läuft im Webbrowser und braucht keinen Download.
Lade Proteine per PDB-ID oder lade eine `.pdb`-Datei hoch, sieh dir die Aminosäuresequenz an, gestalte einzelne Ketten und klicke mit der rechten Maustaste auf ausgewählte Sequenzabschnitte, um sie umzugestalten oder auszublenden.
Ketten
Aminosäuresequenz
Ziehe über Reste, um einen Bereich auszuwählen. Rechtsklick auf die Auswahl gestaltet nur diesen Abschnitt um oder blendet ihn aus.
Eine Proteinstruktur erkunden
Die Protein Data Bank (PDB) enthält experimentell bestimmte 3D-Strukturen von Proteinen, Nukleinsäuren und ihren Komplexen. Jeder Eintrag hat eine vierstellige ID, zum Beispiel 1CRN für Crambin, ein kleines Pflanzenprotein, das oft als Beispiel dient, oder 4HHB für menschliches Desoxyhämoglobin.
Darstellungsstil wählen
- Cartoon: zeigt die Sekundärstruktur, mit Helices als Bänder oder Spiralen und β-Strängen als Pfeile. Am besten, um die Gesamtfaltung zu sehen.
- Stäbchen: zeigt einzelne Bindungen. Am besten für Seitenketten, Liganden und aktive Zentren.
- Kugeln: raumfüllende Atome, die Form und Packung zeigen.
- Linien: leichtes Drahtgittermodell, nützlich für große Strukturen.
Mit Ketten und Sequenzen arbeiten
Viele Strukturen enthalten mehrere Ketten, etwa die zwei α- und zwei β-Ketten des Hämoglobins. Gestalte jede Kette unterschiedlich, um zu sehen, wie sie sich zusammenlagern. Einen Abschnitt der Aminosäuresequenz auszuwählen und umzugestalten ist ein schneller Weg, eine Bindungsschleife oder eine Mutationsstelle für eine Abbildung hervorzuheben.
Tipp: Exportiere PNG für Folien oder PDB/XYZ/OBJ, wenn du die Koordinaten oder ein Mesh in einem anderen Programm brauchst. Wie du einen gebundenen Liganden in SMILES umwandelst, erfährst du unter PDB in SMILES.
Zuletzt aktualisiert: