محوّل SDF إلى InChI
باختصار: حوّل كتل SDF أو MOL إلى سلاسل InChI قياسية للفهرسة والبحث. الأداة مجانية وتعمل في متصفح الويب دون الحاجة إلى تنزيل.
الصق كتلة SDF أو MOL وحوّلها إلى سلسلة InChI قياسية.
صيغ الإدخال والإخراج
| الإدخال: SDF | الإخراج: InChI | |
|---|---|---|
| الاسم الكامل | SDF (ملف بيانات البنية) | InChI (المعرّف الكيميائي الدولي من IUPAC) |
| ما الذي تحتويه | سجل MOL واحد أو أكثر، لكلٍّ منها حقول بيانات اختيارية، يفصل بينها $$$$. | معرّف نصي متعدد الطبقات مبني من البنية. ويكون InChI القياسي هو نفسه في كل البرامج. |
| الملف أو الشكل | .sdf | نص يبدأ بـ InChI=1S/ |
شرح صيغة الملف
SDF يخزّن سجلات الجزيئات بكتل ذرات وروابط بنمط MOL إضافةً إلى حقول خصائص اختيارية. وهو شائع في مكتبات المركبات ومجموعات بيانات الفحص.
InChI معرّف قياسي من IUPAC يمثّل الجزيء في صورة نصية متعددة الطبقات. ويساعد تحويل SDF إلى InChI على إنشاء معرّفات ثابتة للبحث والفهرسة وإزالة التكرار.
إذا احتوى ملف SDF على عدة سجلات، فحوّلها وتحقق منها بعناية. فالأملاح والمخاليط والكيمياء الفراغية والهيدروجينات الناقصة قد تؤثر في InChI الناتج.
عن ملفات SDF
ملف SDF (ملف بيانات البنية) هو في جوهره سجلات MOL كثيرة متصلة معًا. يلي كل سجل حقول بيانات اختيارية مثل > <NAME> أو > <CAS>، وينتهي بسطر يحتوي على $$$$. وتستخدم مكتبات المركبات وتنزيلات PubChem وكتالوجات الموردين صيغة SDF عادةً لأن ملفًا واحدًا يمكنه حمل آلاف الجزيئات مع خصائصها.
لماذا توليد InChI
يمنح InChI القياسي كل بنية معرّفًا قانونيًا مستقلًا عن ترتيب الذرات وطريقة الرسم. وهذا مفيد لدمج المكتبات وإزالة التكرارات ومطابقة المركبات مع قواعد البيانات العامة.
طريقة الاستخدام
- افتح ملف .sdf في محرر نصوص عادي.
- انسخ سجلًا (من ترويسته حتى
$$$$) والصقه. - حوّل وانسخ InChI، أو اختصره باستخدام InChI إلى InChIKey.
استكشاف الأخطاء وإصلاحها
- قد لا تُنتج السجلات التي تحتوي على عناصر غير مألوفة أو ذرات استعلام أو مجموعات R معرّف InChI قياسيًا.
- يسهل التعامل مع الملفات الكبيرة ببضعة سجلات في كل مرة.
- حافظ على المسافات الأصلية؛ فجداول الاتصال في SDF تعتمد على الأعمدة.
آخر تحديث: