MolDraw › أدوات الكيمياء › المحوّل الكيميائي الدفعي
المحوّل الكيميائي الدفعي (CSV للإدخال والإخراج)
باختصار: حوّل قائمة كاملة من SMILES أو الأسماء أو أرقام CAS أو PubChem CID أو InChI أو InChIKey دفعة واحدة. احصل على SMILES القياسي والصيغة والوزن الجزيئي والكتلة الدقيقة وInChI وInChIKey واسم IUPAC وLogP وTPSA ومانحات ومستقبلات الروابط الهيدروجينية وفحص ليبينسكي، ثم نزّل CSV أو TSV أو SDF. الأداة مجانية وتعمل في متصفح الويب ولا تحتاج إلى تنزيل.
الصق معرّفًا واحدًا في كل سطر أو افتح ملف CSV أو TSV أو TXT. تُعالَج SMILES على جهازك، حتى 5,000 صف في كل تشغيل. ويُبحث عن الأسماء وأرقام CAS والمعرّفات الأخرى في PubChem أولًا، وتُميَّز تلك الصفوف بعلامة online.
CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O، الصيغة C9H8O4، وMW 180.159 g/mol، وكتلة دقيقة 180.0423، وTPSA 63.6 Ų، ومانحًا واحدًا، و4 مستقبلات، ونتيجة ليبينسكي Pass. ثم اضغط تنزيل CSV.المخرجات
جاهز.
كيف تحوّل قائمة من المواد الكيميائية
- الصق قائمتك، أو اضغط فتح CSV / TSV / TXT. تصلح قيمة واحدة في كل سطر، ويصلح كذلك جدول بيانات محفوظ بصيغة CSV.
- تحقّق من السطر أسفل المربع. فهو يبيّن عدد الصفوف والأعمدة المقروءة ونوع الفاصل المكتشف.
- في حالة الجدول، اختر عمود المعرّف وحدّد الصف الأول ترويسة إذا كان الصف 1 يحتوي أسماء الأعمدة.
- اترك نوع الإدخال على الاكتشاف لكل صف، أو افرض SMILES أو الاسم أو رقم CAS أو PubChem CID أو InChI أو InChIKey.
- حدّد المخرجات التي تحتاجها. المخرجات الموسومة بـ online تحتاج إلى بحث عبر الإنترنت.
- اضغط تحويل. يعرض شريط التقدم الصفوف المنجزة والأخطاء وعمليات البحث عبر الإنترنت. اضغط إيقاف للإنهاء مبكرًا مع الاحتفاظ بما أُنجز.
- راجع المعاينة، ثم اضغط تنزيل CSV أو تنزيل TSV أو تنزيل SDF.
المدخلات والمخرجات
| الإدخال | مثال | كيف يُقرأ |
|---|---|---|
| SMILES | CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C | على جهازك |
| الاسم (الشائع أو IUPAC) | caffeine | عبر الإنترنت، PubChem |
| رقم سجل CAS | 58-08-2 | يُختبر رقم التحقق، ثم PubChem |
| PubChem CID | 2519 | عبر الإنترنت، PubChem |
| InChI | InChI=1S/C8H10N4O2/… | عبر الإنترنت، PubChem |
| InChIKey | RYYVLZVUVIJVGH-UHFFFAOYSA-N | عبر الإنترنت، PubChem |
ماذا يعني كل ناتج
| الإخراج | المعنى | المصدر |
|---|---|---|
| SMILES القياسي (Canonical) | SMILES قياسي واحد لكل بنية، فتتطابق النسخ المكررة | محلي |
| الصيغة الجزيئية | ترتيب Hill (C، H، ثم A–Z)، مع إضافة الشحنة الصافية | محلي |
| MW (g/mol) | الكتلة المولية المتوسطة من الأوزان الذرية القياسية | محلي |
| الكتلة الدقيقة | الكتلة أحادية النظير (أوفر نظير لكل عنصر)، لمطيافية الكتلة | محلي |
| InChI، InChIKey | معرّفات IUPAC القياسية للبحث في قواعد البيانات | عبر الإنترنت |
| اسم IUPAC | الاسم النظامي من PubChem، إن كان المركب مدرجًا | عبر الإنترنت |
| cLogP | معامل التوزع المحسوب بين الأوكتانول والماء | محلي |
| TPSA (Ų) | مساحة السطح القطبي الطوبولوجية من مساهمات N وO | محلي |
| HBD، HBA | مانحات الروابط الهيدروجينية (N–H، O–H) ومستقبلاتها (ذرات N وO) | محلي |
| Lipinski | Pass إذا خولف حد واحد على الأكثر من حدود قاعدة الخمسة | محلي |
أمثلة محلولة
الأسبرين من SMILES
CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O
C9H8O4، الكتلة الدقيقة 180.0423، TPSA 63.6 Ų، HBD 1، HBA 4.
MW 180.159 g/mol، ليبينسكي Pass
الكافيين من رقم CAS الخاص به
58-08-2 يجتاز اختبار رقم التحقق ويُبحث عنه عبر الإنترنت.
C8H10N4O2، TPSA 58.4 Ų، HBD 0.
MW 194.19 g/mol، InChIKey RYYVLZVUVIJVGH-UHFFFAOYSA-N
جدول بيانات بمعرّفات
الأعمدة id;smiles;IC50 مفصولة بفواصل منقوطة.
يُكتشف الفاصل وعمود SMILES تلقائيًا.
يُحتفظ بعمودي id وIC50 بجانب النتائج
الأتورفاستاتين
MW 558.6 g/mol وcLogP أعلى من 5.
خولف حدّان من حدود قاعدة الخمسة.
ليبينسكي Fail (MW > 500؛ LogP > 5)
أخطاء شائعة
- أسماء في عمود SMILES. عند ضبط نوع الإدخال على SMILES يفشل "aspirin". استخدم «الاكتشاف لكل صف» للقوائم المختلطة.
- غيّر Excel أرقام CAS لديك. قد تحوّل جداول البيانات 7732-18-5 إلى تاريخ. نسّق العمود نصًا قبل الحفظ.
- الأملاح والمخاليط. يُعامل SMILES الذي يحتوي نقطة، مثل
[Na+].[Cl-]، مدخلًا واحدًا. ويشمل MW والصيغة كل الأجزاء. - قراءة الترويسة بيانات. إذا كان الصف 1 يحتوي أسماء الأعمدة فحدّد «الصف الأول ترويسة»، وإلا ظهر صفًا فاشلًا.
- مقارنة قيم LogP من طرق مختلفة. كلٌّ من cLogP وXLogP3 تقدير. استخدم طريقة واحدة لسلسلة كاملة.
- قوائم أسماء طويلة جدًا. يجري البحث عبر الإنترنت بمعدل أربعة تقريبًا في الثانية. حوّل الأسماء إلى SMILES مرة واحدة، ثم اعمل من ملف SMILES.
تريد رؤية بنية؟ الصق أي SMILES في MolDraw، محرر البنى الكيميائية المجاني عبر الإنترنت، لرسمها وتعديلها وتصديرها بصيغة PNG أو SVG أو MOL.
افتح محرر MolDrawالأسئلة الشائعة
كيف أحوّل قائمة SMILES إلى أوزان جزيئية دفعة واحدة؟
الصق SMILES واحدًا في كل سطر، أو افتح ملف CSV واختر عمود SMILES. أبقِ MW (g/mol) محددًا واضغط «تحويل». وعند الانتهاء اضغط «تنزيل CSV». تُعالَج SMILES على جهازك، لذا لا تستغرق 5,000 صف سوى ثوانٍ.
أي المدخلات تحتاج إلى بحث عبر الإنترنت؟
تُقرأ SMILES على جهازك. أما الأسماء وأرقام CAS وأرقام PubChem CID وInChI وInChIKey فيُبحث عنها أولًا في قاعدة بيانات PubChem المجانية للحصول على البنية. وتُجلب مخرجات InChI وInChIKey واسم IUPAC أيضًا عبر الإنترنت. وتُميَّز الصفوف المتصلة بالإنترنت بكلمة online في المعاينة، وتقتصر على نحو أربعة صفوف في الثانية.
هل يمكنني رفع ملف CSV بعدة أعمدة؟
نعم. يكتشف المحوّل الفواصل من نوع الفاصلة وTab والفاصلة المنقوطة والخط العمودي، والخلايا بين علامات اقتباس، وعلامة ترتيب البايتات. ويخمّن صف الترويسة وعمود المعرّف، ويمكنك تغيير كليهما. حدّد «الاحتفاظ بأعمدتي الأخرى» لنسخ معرّفاتك أو قيم النشاط إلى الناتج.
ماذا يعني عمود Lipinski؟
تشير قاعدة ليبينسكي للخمسة إلى ضعف الامتصاص الفموي عندما يخالف المركب أكثر من شرط واحد من: MW ≤ 500، وLogP ≤ 5، و5 مانحات روابط هيدروجينية على الأكثر، و10 مستقبلات روابط هيدروجينية على الأكثر. وPass تعني صفر مخالفات أو مخالفة واحدة. ويسرد عمود المخالفات الحدود التي خولفت.
لماذا تختلف قيمة LogP لديّ عن XLogP3 في PubChem؟
هناك طرق عدة لتقدير LogP. يستخدم هذا المحوّل قيمة cLogP محسوبة من مساهمات الذرات، بينما يعرض PubChem قيمة XLogP3. وتتفق القيمتان عادةً في حدود وحدة واحدة تقريبًا. قارن المركبات بالطريقة نفسها.
ماذا يحتوي ملف SDF المنزَّل؟
سجل واحد لكل صف محوَّل: بنية ثنائية الأبعاد بإحداثياتها، والمدخل سطرًا للعنوان، وكل ناتج مختار (الصيغة وMW وLogP وغيرها) حقلَ بيانات SDF. ويمكن لمعظم البرامج وقواعد البيانات الكيميائية فتحه.
لماذا فشل أحد الصفوف؟
يبيّن عمود الحالة السبب: مثل SMILES بحلقة أو قوس غير مغلق، أو رقم CAS برقم تحقق خاطئ، أو اسم لا يعرفه PubChem. صحّح المدخل وشغّل المحوّل مجددًا. ولا تتأثر الصفوف الأخرى.
أدوات كيمياء ذات صلة
آخر تحديث: