在线 PDB 转 PDBQT 转换器
简而言之：粘贴 PDB 文本、上传 .pdb 文件或按 PDB ID 导入，即可生成 PDBQT 草稿，并提供 AutoDock 原子类型、电荷、扭转和格式说明。免费使用，在网页浏览器中运行，无需下载。
粘贴 PDB 结构、上传 .pdb 文件，或按 PDB ID 从蛋白质数据库（Protein Data Bank）导入结构，然后将其转换为 PDBQT，用于对接流程。这个浏览器工具会按 PDBQT 布局添加元素列和电荷/类型列，便于快速准备。
PDB 输入
粘贴 PDB 文本、上传本地 PDB 文件，或输入 4 个字符的 PDB ID。
PDBQT 输出
输入与输出格式
| 输入：PDB | 输出：PDBQT | |
|---|---|---|
| 全称 | PDB（蛋白质数据库格式） | PDBQT（AutoDock 格式） |
| 包含的信息 | 按固定列存放的 3D 原子坐标，用于蛋白质和小分子。 | PDB 坐标加上部分电荷（Q）和 AutoDock 原子类型（T），配体还含扭转数据。 |
| 文件或形式 | .pdb | .pdbqt |
对接流程注意事项
- 本工具直接在浏览器中生成实用的 PDBQT 文本布局，适合快速原型设计。
- 正式对接运行时，可以在对接软件中进一步完善质子化状态和扭转定义。
- 需要快速得到 PDBQT 草稿结构时，可把本页面当作快速转换工具。
如何在线将 PDB 转换为 PDBQT
- 粘贴 PDB 文本、上传本地 .pdb 文件，或输入 4 个字符的 PDB ID，例如 1CRN。
- 点击转换为 PDBQT。转换器保留 ATOM/HETATM 坐标，并写入 PDBQT 风格的电荷和 AutoDock 原子类型字段。
- 复制或下载生成的 .pdbqt 文件，用于对接准备、快速检查或教学示例。
- 正式对接之前，请在对接流程中检查氢原子、质子化、电荷、原子类型、柔性键和受体清理。
PDB 与 PDBQT 对比
PDB 是结构生物学通用的坐标格式。PDBQT 常被 AutoDock 类对接工具使用，因为它携带对接计算所需的原子类型和部分电荷信息。
| 格式 | 存储内容 | 常见用途 |
|---|---|---|
| PDB | 原子名、残基名、链、坐标、占有率、B 因子和元素符号。 | 蛋白质结构、配体、晶体学文件、可视化和结构生物学数据交换。 |
| PDBQ | 类似 PDB 的坐标加上部分电荷信息。 | 较早的对接准备流程：需要电荷，但不像 PDBQT 那样存储 AutoDock 原子类型。 |
| PDBQT | 类似 PDB 的坐标加上部分电荷和 AutoDock 原子类型字段。配体可能包含扭转树记录。 | AutoDock、AutoDock Vina、对接流程、配体/受体准备和对接教程。 |
相关对接与结构工具
PDBQT 格式详解
PDBQT 文件看起来与 PDB 文件相似，但对接工具会读取每个原子行末尾附近的额外字段。Q 表示部分电荷，T 表示 AutoDock 原子类型。
ATOM 1 N ALA A 1 11.104 13.207 9.142 1.00 20.00 -0.346 N ATOM 2 CA ALA A 1 12.560 13.320 9.420 1.00 20.00 0.186 C HETATM 3 O LIG L 1 10.440 11.980 8.500 1.00 20.00 -0.508 OA
原子类型
C、N、OA、SA、HD、Cl 和 Zn 等 AutoDock 原子类型告诉对接软件在打分时如何解释每个原子。
电荷
PDBQT 存储部分电荷。这个快速浏览器转换器写入的是中性的草稿电荷字段，因此正式对接仍应使用专门的准备工具分配合适的电荷。
扭转
柔性配体的 PDBQT 文件可以包含 ROOT、BRANCH、ENDBRANCH 和 TORSDOF 记录，用于描述可旋转键和扭转自由度。
受体与配体
受体 PDBQT 的准备通常侧重于清理、加氢、电荷和原子类型。配体 PDBQT 的准备还需要处理可旋转键和扭转树。
AutoDock Vina PDBQT 检查清单
为 AutoDock、AutoDock Vina 或相关对接流程准备 PDBQT 文件时，请参考这份清单。
- 清理 PDB：除非确有需要，删除无关的水分子、重复的链、替代构象和非目标配体。
- 加氢：对接分数对氢原子的位置很敏感，尤其是极性氢和氢键供体。
- 检查质子化：选择在实验 pH 或生理条件下预期的质子化状态。
- 分配电荷：最终对接前，使用对接准备流程得到真实的部分电荷。
- 检查原子类型：金属、卤素、硫、磷和带电原子可能需要仔细确定原子类型。
- 处理扭转：配体 PDBQT 文件应正确定义可旋转键；受体文件通常是刚性的，除非单独准备了柔性侧链。
- 验证输出：在启动耗时的批量任务之前，先在对接或可视化工具中打开 PDBQT 检查。
PDBQT 转 PDB：反向转换会发生什么？
搜索 PDBQT 转 PDB 转换器的用户通常只想要一个用于查看的简单坐标文件。去掉电荷、原子类型和扭转树元数据后，PDBQT 文件通常可以还原为类似 PDB 的 ATOM/HETATM 记录。但 PDB 无法保留 ROOT、BRANCH、ENDBRANCH 和 TORSDOF 等 AutoDock 专用记录。
常见问题
PDBQT 和 PDB 一样吗？
不一样。PDB 是通用坐标格式。PDBQT 是对接格式，增加了部分电荷和 AutoDock 原子类型字段，对于柔性配体还可能包含扭转树信息。
为什么 AutoDock 和 Vina 需要 PDBQT？
对接程序在打分和评估相互作用时需要原子类型和电荷信息。仅有 PDB 通常不包含足够的对接专用信息。
这个工具会计算真正的 Gasteiger 电荷吗？
不会。本页面在浏览器端快速生成带中性电荷字段的 PDBQT 草稿。最终的电荷分配请使用完整的对接准备流程。
可以直接从蛋白质数据库导入吗？
可以。输入 4 个字符的 PDB ID（例如 1CRN），工具会先从 RCSB 导入 PDB 文件，再生成 PDBQT 草稿。
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