SMILES 转 PDBQT 转换器
简而言之：把 SMILES 字符串转换为 PDBQT 格式，用于分子对接和 AutoDock 类流程。免费，在网页浏览器中运行，无需下载。
分两步把 SMILES 转换为 PDBQT：先由 SMILES 生成 3D PDB，再把结构转换为可用于对接的 PDBQT 文本。
就绪。
输入和输出格式
| 输入：SMILES | 输出：PDBQT | |
|---|---|---|
| 全称 | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | PDBQT（AutoDock 格式） |
| 包含内容 | 以一行文本表示原子、键、环、电荷和立体信息，不含坐标。 | PDB 坐标加上部分电荷（Q）和 AutoDock 原子类型（T），配体还包含扭转数据。 |
| 文件或形式 | .smi 或纯文本 | .pdbqt |
技术流程
- 第 1 步：工具从公共 SMILES 转换接口请求 3D PDB 坐标。
- 第 2 步：把 PDB 原子行改写为带原子类型和电荷列的 PDBQT 风格记录。
- 这个快速转换器适合生成草稿；必要时请在对接软件中微调质子化和扭转设置。
文件格式说明
SMILES 是简洁的连接关系字符串，适合快速描述配体，但不包含对接所需的原子类型、电荷、扭转或 3D 坐标。
PDBQT 是 AutoDock 类对接格式。它存储类似 PDB 的坐标以及部分电荷和 AutoDock 原子类型字段，配体文件还可能包含 ROOT、BRANCH、ENDBRANCH 和 TORSDOF 等扭转树记录。
本转换器在浏览器端生成 PDBQT 草稿。用于正式的 AutoDock Vina 对接前，请检查氢原子、质子化、电荷模型、原子类型和可旋转键。
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