Chuyển CID sang SMILES
Tóm tắt: Chuyển mã hợp chất thành chuỗi SMILES chuẩn cho các quy trình hóa học. Miễn phí, chạy trên trình duyệt web và không cần tải xuống.
Chuyển giá trị PubChem CID sang mã SMILES chuẩn.
Định dạng đầu vào và đầu ra
| Đầu vào: PubChem CID | Đầu ra: SMILES | |
|---|---|---|
| Tên đầy đủ | PubChem CID | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) |
| Nội dung lưu trữ | Mã hợp chất (Compound ID) của một bản ghi trong cơ sở dữ liệu PubChem. Mã này được tra cứu để lấy cấu trúc. | Nguyên tử, liên kết, vòng, điện tích và lập thể trên một dòng văn bản. Không có tọa độ. |
| Tệp hoặc dạng | Một số nguyên như 2244 | .smi hoặc văn bản thuần |
Giải thích định dạng tệp
PubChem CID là mã số định danh hợp chất do PubChem sử dụng. Nó trỏ tới một bản ghi cơ sở dữ liệu chứ không trực tiếp mã hóa cấu trúc phân tử.
SMILES là ký hiệu dòng gọn cho cách liên kết trong phân tử. Chuyển CID sang SMILES hữu ích khi cơ sở dữ liệu cho PubChem ID nhưng công cụ vẽ hoặc tin học hóa học của bạn cần chuỗi cấu trúc.
Tra cứu CID phụ thuộc vào bản ghi PubChem. Các bản ghi hợp chất, muối, đồng vị hoặc dạng lập thể khác nhau có thể có CID và chuỗi SMILES khác nhau.
Về PubChem CID
PubChem Compound ID (CID) là mã số PubChem gán cho mỗi cấu trúc hóa học duy nhất trong cơ sở dữ liệu. Ví dụ, aspirin là CID 2244 và caffeine là CID 2519. Bài báo, danh mục nhà cung cấp và bộ dữ liệu thường trích CID, nhưng một con số đơn lẻ không cho bạn biết cấu trúc. Chuyển nó sang SMILES cho bạn chuỗi cấu trúc có thể chỉnh sửa.
Cách sử dụng
- Nhập một CID (chỉ chữ số, không có tiền tố "CID").
- Chạy chuyển đổi để lấy SMILES chuẩn từ PubChem.
- Sao chép SMILES vào MolDraw, bảng tính hoặc công cụ chuyển đổi khác.
Hỏi đáp
CID có giống số CAS không? Không. Số đăng ký CAS do Chemical Abstracts Service cấp và có dạng gạch nối như 50-78-2; CID là số thứ tự riêng của PubChem. Vì sao muối cho SMILES có dấu chấm? Muối và hỗn hợp gồm các thành phần riêng biệt, được SMILES viết cách nhau bằng dấu chấm, ví dụ [Na+].[Cl-].
Bước tiếp theo: vẽ bằng SMILES sang cấu trúc hoặc lấy mã định danh bằng SMILES sang InChIKey.
Cập nhật lần cuối: